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万見
- PDB-1z7m: ATP Phosphoribosyl transferase (HisZG ATP-PRTase) from Lactococcu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z7m
タイトルATP Phosphoribosyl transferase (HisZG ATP-PRTase) from Lactococcus lactis
要素
  • ATP phosphoribosyltransferase
  • ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit
キーワードTRANSFERASE / ATP-PRT / histidine biosynthesis / HisZG / allosteric / evolution
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase activity / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / L-histidine biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / transferase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / ATP phosphoribosyltransferase HisG, short form / ATP phosphoribosyltransferase HisG / ATP phosphoribosyltransferase, catalytic domain / ATP phosphoribosyltransferase, conserved site / ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase signature. / Histidine-tRNA ligase/ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase ...ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / ATP phosphoribosyltransferase HisG, short form / ATP phosphoribosyltransferase HisG / ATP phosphoribosyltransferase, catalytic domain / ATP phosphoribosyltransferase, conserved site / ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase signature. / Histidine-tRNA ligase/ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / TUNGSTATE(VI)ION / ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Champagne, K.S. / Sissler, M. / Larrabee, Y. / Doublie, S. / Francklyn, C.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Activation of the hetero-octameric ATP phosphoribosyl transferase through subunit interface rearrangement by a tRNA synthetase paralog.
著者: Champagne, K.S. / Sissler, M. / Larrabee, Y. / Doublie, S. / Francklyn, C.S.
履歴
登録2005年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit
B: ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit
C: ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit
D: ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit
E: ATP phosphoribosyltransferase
F: ATP phosphoribosyltransferase
G: ATP phosphoribosyltransferase
H: ATP phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)255,29216
ポリマ－254,2278
非ポリマー1,0668
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit
B: ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit
G: ATP phosphoribosyltransferase
H: ATP phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,6468
ポリマ－127,1134
非ポリマー5334
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9820 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area46980 Å2
手法PISA
3
C: ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit
D: ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit
E: ATP phosphoribosyltransferase
F: ATP phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,6468
ポリマ－127,1134
非ポリマー5334
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10280 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area45940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.684, 222.936, 86.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit


分子量: 39848.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 遺伝子: hisZ / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: Q02147
#2: タンパク質
ATP phosphoribosyltransferase / ATP-PRTase / ATP-PRT


分子量: 23708.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 遺伝子: hisG / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: Q02129, ATP phosphoribosyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION


分子量: 247.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO4
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.32 % / 解説: File contains Friedel Pairs
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 400, Tris-HCL, MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X26C11.2124
シンクロトロンNSLS X26C20.97939, 0.95, 0.95
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月10日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.21241
20.979391
30.951
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 110115 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 15.72
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.467 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique all: 8903 / Rsym value: 0.391 / % possible all: 82.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: File contains Friedel Pairs
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2855 5020 random
Rwork0.2447 --
all0.305 125404 -
obs0.298 110115 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.47 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.81 Å0.73 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16569 0 40 0 16609
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0095
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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