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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z79 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of an RNA duplex containing site specific 2'-amine substitution at a C-A mismatch (at pH 5) | ||||||||||||||||||
![]() | RNA 5'-R(*![]() RNA / 2'-AMINE / DUPLEX / MISMATCH | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Gherghe, C.M. / Krahn, J.M. / Weeks, K.M. | ![]() ![]() タイトル: Crystal structures, reactivity and inferred acylation transition States for 2'-amine substituted RNA. 著者: Gherghe, C.M. / Krahn, J.M. / Weeks, K.M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 408.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 409.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 5081.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-CA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.41 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: MPD, Na cacodylate, spermine, calcium chloride, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年2月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→23 Å / Num. all: 4979 / Num. obs: 4904 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 14.29 % / Biso Wilson estimate: 60.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 11.65 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.86 / Num. unique all: 465 / Rsym value: 0.419 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1YRM 解像度: 2.55→8.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 550839.87 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.6488 Å2 / ksol: 0.375414 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→8.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.051 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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