PDB-1z6h: Solution Structure of Bacillus subtilis BLAP biotinylated-form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z6h

タイトル

Solution Structure of Bacillus subtilis BLAP biotinylated-form

要素

Biotin/Lipoyl Attachment Protein

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Bacillus subtilis / single-domain Biotin/Lipoyl Attachment Protein / solution structure

機能・相同性

機能・相同性情報

: / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Biotin-requiring enzyme / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics

データ登録者

Cui, G. / Xia, B.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Identification and solution structures of a single domain biotin/lipoyl attachment protein from Bacillus subtilis
著者: Cui, G. / Nan, B. / Hu, J. / Wang, Y. / Jin, C. / Xia, B.

履歴

登録	2005年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z6h.cif.gz	449 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z6h.ent.gz	391.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z6h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1z6h_validation.pdf.gz	373.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1z6h_full_validation.pdf.gz	449 KB	表示
XML形式データ	1z6h_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	1z6h_validation.cif.gz	37.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/1z6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/1z6h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2b8g-d 1e5c-d 3zzp-d 1xbd-d 1e5b-d 3kur-7 3kur-3 2b8f-d 1kn6-d 1hz6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Biotin/Lipoyl Attachment Protein

ヘテロ分子

8.15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Biotin/Lipoyl Attachment Protein 分子量: 7920.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: pET 21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9R9I3, UniProt: C0H419*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-BTI / 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL 分子量: 228.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₂S

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 3D heteronuclear techniques

-
試料調製

詳細	内容: 1.2mM s-BCCP U-15N,13C; 50mM phosphate buffer NA; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 150mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
NMRPipe	2.1	Frank Delaglio	解析
NMRView	5	Bruce Johnson	データ解析
CYANA	1.0.6	Peter Guntert	構造決定
Amber	7	David Case	精密化

精密化

手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 4560 restraints, 4160 are NOE-derived distance constraints, 117 dihedral angle restraints, 30 distance restraints from hydrogen bonds, 253 charity restraints.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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