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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z6c | ||||||
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タイトル | Solution structure of an EGF pair (EGF34) from vitamin K-dependent protein S | ||||||
要素 | Vitamin K-dependent protein S | ||||||
キーワード | BLOOD CLOTTING (凝固・線溶系) / EGF module | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endopeptidase inhibitor activity / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall ...endopeptidase inhibitor activity / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / Golgi lumen / 凝固・線溶系 / Platelet degranulation / blood microparticle / ゴルジ体 / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / Simulated annealing Torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Drakenberg, T. / Ghasriani, H. / Thulin, E. / Thamlitz, A.M. / Muranyi, A. / Annila, A. / Stenflo, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Solution Structure of the Ca(2+)-Binding EGF3-4 Pair from Vitamin K-Dependent Protein S: Identification of an Unusual Fold in EGF3. 著者: Drakenberg, T. / Ghasriani, H. / Thulin, E. / Muranyi, A. / Annila, A. / Stenflo, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1z6c.cif.gz | 516.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1z6c.ent.gz | 438 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1z6c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/1z6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/1z6c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9596.842 Da / 分子数: 1 / 断片: EGF modules 3 and 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PROS1, PROS / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07225 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Simulated annealing Torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on a total of 912 restraints, 756 NOE restraints, 76 torsion angle restraints, 46 residual dipolar couplings and 30 restraints from hydrogen bonds | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |