PDB-1z65: Mouse Doppel 1-30 peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z65

タイトル

Mouse Doppel 1-30 peptide

要素

Prion-like protein doppel

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / transmembrane helix / DHPC / mouse Doppel

機能・相同性

機能・相同性情報

Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / acrosome reaction / intracellular copper ion homeostasis / single fertilization / protein homooligomerization / copper ion binding / external side of plasma membrane
類似検索 - 分子機能

手法

溶液NMR

データ登録者

Papadopoulos, E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: NMR Solution Structure of the Peptide Fragment 1-30, Derived from Unprocessed Mouse Doppel Protein, in DHPC Micelles
著者: Papadopoulos, E. / Oglecka, K. / Maler, L. / Jarvet, J. / Wright, P.E. / Dyson, H.J. / Graslund, A.

履歴

登録	2005年3月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z65.cif.gz	221.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z65.ent.gz	184.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z65.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1z65_validation.pdf.gz	335.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1z65_full_validation.pdf.gz	451.2 KB	表示
XML形式データ	1z65_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	1z65_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/1z65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/1z65	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2l5b-d 2oxk-d 3eh3-4 2n1p-d 3tq2-d 1y03-d 6egl-d 1b9u-d 1zta-d 2wq1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#101 - 2008年5月プリオン (Prions) 類似性 (3) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Prion-like protein doppel

3.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	22 / 50	structures with favorable non-bond energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	Prion-like protein doppel / PrPLP / Doppelganger 分子量: 3404.213 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-30 / 由来タイプ: 合成詳細: sequence appears naturally in Mus musculus, gene Prnd 参照: UniProt: Q9QUG3

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY

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試料調製

詳細	内容: 2 mM mouse Doppel 1-30 peptide / 溶媒系: 100mM DHPC, 10% D2O
試料状態	イオン強度: unknown / pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 318 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	分類
Felix	2000.1	データ解析
DYANA	1.5	構造決定
DYANA	1.5	精密化

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 22

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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