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万見
- PDB-1z5x: hemipteran ecdysone receptor ligand-binding domain complexed with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z5x
タイトルhemipteran ecdysone receptor ligand-binding domain complexed with ponasterone A
要素
  • Ecdysone receptor ligand binding domain
  • Ultraspiracle protein (USP) a homologue of RXREcdysone receptor
キーワードHormone/Growth Factor Receptor / ecdysone receptor / ponasterone A / nuclear receptor (核内受容体) / ECR / USP / ecdysone (エクジソン) / Hormone-Growth Factor Receptor COMPLEX
機能・相同性Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / 2,3,14,20,22-PENTAHYDROXYCHOLEST-7-EN-6-ONE / リン酸塩
機能・相同性情報
生物種Bemisia tabaci (タバココナジラミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Carmichael, J.A. / Lawrence, M.C. / Graham, L.D. / Pilling, P.A. / Epa, V.C. / Noyce, L. / Lovrecz, G. / Winkler, D.A. / Pawlak-Skrzecz, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: The X-ray structure of a hemipteran ecdysone receptor ligand-binding domain: comparison with a lepidopteran ecdysone receptor ligand-binding domain and implications for insecticide design.
著者: Carmichael, J.A. / Lawrence, M.C. / Graham, L.D. / Pilling, P.A. / Epa, V.C. / Noyce, L. / Lovrecz, G. / Winkler, D.A. / Pawlak-Skrzecz, A. / Eaton, R.E. / Hannan, G.N. / Hill, R.J.
履歴
登録2005年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE According to authors the N-termini of the crystal contents could not be verified. SDS-PAGE ...SEQUENCE According to authors the N-termini of the crystal contents could not be verified. SDS-PAGE analysis of crystals and stored protein revealed polypeptides of lower molecular weight than expected, presumably the result of progressive proteolysis. N-terminal sequencing of major bands extracted from SDS-PAGE could only confirm one band as corresponding to a sequence starting at residue LEU U 285. At the time of processing there were no suitable database references for chains U or E

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
U: Ultraspiracle protein (USP) a homologue of RXR
E: Ecdysone receptor ligand binding domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7157
ポリマ－65,8702
非ポリマー8455
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.005, 143.005, 84.015
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細the biological assembly is a heterodimer of Usp (chain U) and Ecr (chain E)

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要素

#1: タンパク質 Ultraspiracle protein (USP) a homologue of RXR / Ecdysone receptor


分子量: 29997.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bemisia tabaci (タバココナジラミ)
遺伝子: Usp / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi-5 (Invitrogen)
#2: タンパク質 Ecdysone receptor ligand binding domain


分子量: 35873.070 Da / 分子数: 1 / Fragment: ligand binding subunit / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bemisia tabaci (タバココナジラミ)
遺伝子: Ecr / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi-5 (Invitrogen)
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-P1A / 2,3,14,20,22-PENTAHYDROXYCHOLEST-7-EN-6-ONE / PONASTERONE A / 25-DEOXYECDYSTERONE / 25-DEOXY-20-HYDROXYECDYSONE, / ポナステロンA


分子量: 464.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44O6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1 M ammonium phosphate, 4.5 % trehalose, 10 mM DTT, 10 % glycerol, 3 mM ponasterone A, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 115 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月21日 / 詳細: Yale-MSC mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.07→27.48 Å / Num. all: 16756 / Num. obs: 16756 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.4 % / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 3.07→3.11 Å / 冗長度: 10.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 2713 / Rsym value: 0.51 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4(MOLREP)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Homology model derived from pdb entry 1DKF

1dkf


解像度: 3.07→27.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 2256128.06 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 843 5 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.205 16740 --
obs0.205 16740 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 24.4674 Å2 / ksol: 0.364873 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.41 Å20 Å20 Å2
2---9.41 Å20 Å2
3---18.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.07→27.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3473 0 53 0 3526
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.07
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.07→3.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 153 5.6 %
Rwork0.318 2560 -
obs-2713 99 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PO4_XPLOR_PAR.TXTPONA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PONA.PARAMPO4_XPLOR_TOP.TXT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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