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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z4a | ||||||
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タイトル | Ferritin from T. maritima | ||||||
要素 | ferritin | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / Ferritin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial non-heme ferritin / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Steinbacher, S. / Schiffmann, S. / Bacher, A. / Fischer, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of T. maritima ferritin 著者: Steinbacher, S. / Schiffmann, S. / Bacher, A. / Fischer, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1z4a.cif.gz | 282.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1z4a.ent.gz | 232.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1z4a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1z4a_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1z4a_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1z4a_validation.xml.gz | 54.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1z4a_validation.cif.gz | 77.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/1z4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/1z4a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1bfrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19415.865 Da / 分子数: 8 / 断片: Ferritin / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: MSB8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0L2 #2: 化合物 | ChemComp-LFA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.03 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→38 Å / Num. all: 92569 / Num. obs: 92569 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 6.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 13597 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BFR 解像度: 2.3→15 Å / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
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拘束条件 |
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