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- PDB-1z3w: Structure of Phanerochaete chrysosporium cellobiohydrolase Cel7D ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z3w
タイトルStructure of Phanerochaete chrysosporium cellobiohydrolase Cel7D (CBH58) in complex with cellobioimidazole
要素cellulase
キーワードHYDROLASE / Beta sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / cellulose binding / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / extracellular region
類似検索 - 分子機能
1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A / Glycoside hydrolase, family 7, domain / Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. ...1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A / Glycoside hydrolase, family 7, domain / Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Distorted Sandwich / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IDC / Glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Phanerochaete chrysosporium (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ubhayasekera, W. / Vasella, A. / Stahlberg, J. / Mowbray, S.L.
引用
ジャーナル: Febs J. / 年: 2005
タイトル: Structures of Phanerochaete chrysosporium Cel7D in complex with product and inhibitors
著者: Ubhayasekera, W. / Munoz, I.G. / Vasella, A. / Stahlberg, J. / Mowbray, S.L.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Family 7 cellobiohydrolases from Phanerochaete chrysosporium: crystal structure of the catalytic module of Cel7D (CBH58) at 1.32 A resolution and homology models of the isozymes
著者: Munoz, I.G. / Ubhayasekera, W. / Henriksson, H. / Szabo, I. / Pettersson, G. / Johansson, G. / Mowbray, S.L. / Stahlberg, J.
#2: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2003
タイトル: The catalytic module of Cel7D from Phanerochaete chrysosporium as a chiral selector: structural studies of its complex with the beta blocker (R)-propranolol
著者: Munoz, I.G. / Mowbray, S.L. / Stahlberg, J.
履歴
登録2005年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cellulase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3613
ポリマ－45,7771
非ポリマー5842
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.382, 46.578, 98.505
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 cellulase / Cellobiohydrolase


分子量: 45777.141 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic module / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phanerochaete chrysosporium (菌類) / 株: K3
参照: UniProt: Q7LIJ0, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖 ChemComp-IDC / (5R,6R,7R,8S)-7,8-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,2-a]pyridin-6-yl beta-D-glucopyranoside / 5-HYDROXYMETHYL-5,6,7,8-TETRAHYDRO-IMIDAZO[1,2-A]PYRIDIN-6YL-7,8-DIOL-GLUCOPYRANOSIDE / IMIDAZOLE-DERIVED CELLOBIOSE / (5R,6R,7R,8S)-7,8-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,2-a]pyridin-6-yl beta-D-glucoside / (5R,6R,7R,8S)-7,8-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,2-a]pyridin-6-yl D-glucoside / (5R,6R,7R,8S)-7,8-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,2-a]pyridin-6-yl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 362.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N2O9
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: TRIS-HCl, calcium chloride, PEG 5000, glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月8日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→43 Å / Num. all: 39785 / Num. obs: 39785 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.194 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 2685 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1GPI

1gpi


解像度: 1.7→36.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 6.977 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22729 2350 5.9 %RANDOM
Rwork0.17824 ---
obs0.18108 37334 100 %-
all-37334 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.761 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.27 Å20 Å2-0.61 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3----1.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→36.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3198 0 39 180 3417
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0213315
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2151.9494519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0443430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.89615527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2504
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022541
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.31571
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.5375
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.324
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0490.53
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1261.52123
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.84223403
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.32331192
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4724.51116
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.287 159
Rwork0.18 2685
obs-2685

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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