[日本語] English
万見
- PDB-1z1v: NMR structure of the Saccharomyces cerevisiae Ste50 SAM domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z1v
タイトルNMR structure of the Saccharomyces cerevisiae Ste50 SAM domain
要素STE50 protein
キーワードCELL CYCLE / all helix protein / SAM domain
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling pathway via Sho1 osmosensor / signal transduction involved in filamentous growth / SAM domain binding / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / protein kinase regulator activity / establishment of cell polarity / p38MAPK cascade / regulation of cell cycle / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ste50, sterile alpha motif / Ste50p, sterile alpha motif / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Transcription Factor, Ets-1 / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Ubiquitin-like domain superfamily ...Ste50, sterile alpha motif / Ste50p, sterile alpha motif / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Transcription Factor, Ets-1 / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Ubiquitin-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kwan, J.J. / Warner, N. / Maini, J. / Pawson, T. / Donaldson, L.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Saccharomyces cerevisiae Ste50 binds the MAPKKK Ste11 through a head-to-tail SAM domain interaction.
著者: Kwan, J.J. / Warner, N. / Maini, J. / Chan Tung, K.W. / Zakaria, H. / Pawson, T. / Donaldson, L.W.
履歴
登録2005年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: STE50 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3101
ポリマ－9,3101
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 STE50 protein


分子量: 9309.657 Da / 分子数: 1 / 断片: ste50 SAM domain (residues 32-107) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
解説: this protein fragment was cloned into the NdeI and BamHI sites of pET15b creating an aminoterminal hexahistidine tagged protein with an intervening thrombin protease cleavage site. After ...解説: this protein fragment was cloned into the NdeI and BamHI sites of pET15b creating an aminoterminal hexahistidine tagged protein with an intervening thrombin protease cleavage site. After thrombin treatment, the non-native residues GSH remained amino terminal to the native Ste50 sequence
遺伝子: STE50 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P25344

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 3D heteronuclear techniques

-
試料調製

詳細内容: 0.8 mM Ste50 SAM U-15N,13C, 20 mM sodium phosphate buffer, pH 7.8, 150 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 150 mM NaCl / pH: 7.8 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelagio解析
NMRView5.2Johnsonデータ解析
CYANA2Guntert構造決定
XPLOR-NIH2.9.9精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Experimental observations: 615 intermolecular NOE distance restraints, 328 short range NOE distance restraints, 163 medium range NOE distance restraints, 149 long range NOE restraints, 42 ...詳細: Experimental observations: 615 intermolecular NOE distance restraints, 328 short range NOE distance restraints, 163 medium range NOE distance restraints, 149 long range NOE restraints, 42 pairs of hydrogen bond distance restraints and 69 pairs of phi/psi dihedral angle restraints. An initial ensemble of 500 structures were calculated with CYANA 2.0. The top 25 structures with minimum restraint violations were refined in water using XPLOR-NIH and a protocol by C. Spronk. All 25 water refined structures had no NOE violations > 0.5 A and no dihedral violations > 5 degrees. For residues 35-100, the backbone RMSD of the ensemble is 0.75 +/- 0.14 A. Residues 28-32 and 101-107 are disordered.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る