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- PDB-1z1c: Structural Determinants of Tissue Tropism and In Vivo Pathogenici... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z1c
タイトルStructural Determinants of Tissue Tropism and In Vivo Pathogenicity for the Parvovirus Minute virus of Mice
要素
  • 5'-D(*AP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*A)-3'
  • 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*C)-3'
  • Coat protein VP2
キーワードVirus/DNA / Immunosuppressive strain / MVMi / Minute virus of Mice / Icosahedral virus / Virus-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Murine minute virus (マウス微小ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kontou, M. / Govindasamy, L. / Nam, H.J. / Bryant, N. / Llamas-Saiz, A.L. / Foces-Foces, C. / Hernando, E. / Rubio, M.P. / McKenna, R. / Almendral, J.M. / Agbandje-McKenna, M.
引用
ジャーナル: J.Virol. / 年: 2005
タイトル: Structural determinants of tissue tropism and in vivo pathogenicity for the parvovirus minute virus of mice.
著者: Kontou, M. / Govindasamy, L. / Nam, H.J. / Bryant, N. / Llamas-Saiz, A.L. / Foces-Foces, C. / Hernando, E. / Rubio, M.P. / McKenna, R. / Almendral, J.M. / Agbandje-McKenna, M.
履歴
登録2005年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ncs_oper / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_z ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_main_chain_plane.improper_torsion_angle / _pdbx_validate_peptide_omega.omega / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE THE AUTHORS VERIFIED WITH THEIR COLLABORATORS THAT THE THIS DIFFERENCE BETWEEN THE CRYSTAL ...SEQUENCE THE AUTHORS VERIFIED WITH THEIR COLLABORATORS THAT THE THIS DIFFERENCE BETWEEN THE CRYSTAL COORDINATES AND SEQUENCE DATABASE IS DUE TO AN ERROR IN THE DEPOSITED SEQUENCE OR A POSSIBLE DIFFERENCE IN AN EARLIER VARIANT OF THE VIRUS. RESIDUE 366 IS A METHONINE AND THE RESIDUE 455 IS A THEORNINE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*C)-3'
C: 5'-D(*AP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*A)-3'
A: Coat protein VP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4166
ポリマ－71,0053
非ポリマー4113
水1,820101
1
B: 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*C)-3'
C: 5'-D(*AP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*A)-3'
A: Coat protein VP2
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,284,969360
ポリマ－4,260,286180
非ポリマー24,683180
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*C)-3'
C: 5'-D(*AP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*A)-3'
A: Coat protein VP2
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 357 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)357,08130
ポリマ－355,02415
非ポリマー2,05715
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
B: 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*C)-3'
C: 5'-D(*AP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*A)-3'
A: Coat protein VP2
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 428 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)428,49736
ポリマ－426,02918
非ポリマー2,46818
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
B: 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*C)-3'
C: 5'-D(*AP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*A)-3'
A: Coat protein VP2
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 4.28 MDa, 180 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,284,969360
ポリマ－4,260,286180
非ポリマー24,683180
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
transform to crystal frame1
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)448.700, 416.700, 305.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.31411193, -0.83619076, 0.44959871), (0.7734491, 0.5, 0.38956017), (-0.55044306, 0.22521296, 0.80392206)
3generate(-0.79556319, -0.57949741, 0.17692003), (0.41524345, -0.30901699, 0.85569782), (-0.44122329, 0.75393553, 0.48654619)
4generate(-0.79549205, 0.41533856, -0.44120338), (-0.57958892, -0.30901699, 0.75422656), (0.1767213, 0.85549111, 0.48647505)
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23generate(0.4979388, -0.25669335, 0.82841326), (-0.35820565, 0.80901699, 0.46613765), (-0.78960481, -0.52872259, 0.31107819)
24generate(-0.49812505, -0.35814909, 0.78985484), (0.25663456, 0.80901699, 0.52885034), (-0.82819513, 0.46595779, -0.31089194)
25generate(-0.86824723, 0.41533856, 0.27150472), (0.41524345, 0.30901699, 0.85569782), (0.27137698, 0.85549111, -0.44076976)
26generate(0.10093146, 0.99483597, 0.01029484), (0.10157109, -0.99498799), (-0.98954023, 0.10155557, -0.10093146)
27generate(0.79549205, 0.41533856, 0.44120338), (0.57958892, -0.30901699, -0.75422656), (-0.1767213, 0.85549111, -0.48647505)
28generate(0.32825944, -0.35814909, 0.87414469), (0.35820565, -0.80901699, -0.46613765), (0.87394537, 0.46595779, -0.13727642)
29generate(-0.65506676, -0.25669335, 0.7108086), (-0.25663456, -0.80901699, -0.52885034), (0.71047416, -0.52872259, 0.46408376)
30generate(-0.79556319, 0.57949741, 0.17692003), (-0.41524345, -0.30901699, -0.85569782), (-0.44122329, -0.75393553, 0.48654619)
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60generate(0.87959972, 0.10352895, -0.46443952), (-0.41524345, -0.30901699, -0.85569782), (-0.2320493, 0.94538256, -0.22882793)-15.42624, 208.35, 151.86854

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*C)-3'


分子量: 3557.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*A)-3'


分子量: 2701.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 Coat protein VP2


分子量: 64745.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murine minute virus (STRAIN MVMI) (ウイルス)
属: Parvovirus / 生物種: Minute virus of mice / 株: MVMi / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Immunosuppressive strain / 参照: UniProt: P07302

-
非ポリマー , 3種, 104分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-D5M / 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dAMP


分子量: 331.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 35

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試料調製

結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10mM Tris-HCl, 8 mM CaCl2, PEG8000, virus 10mg/ml, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→20 Å / Num. all: 441933 / Num. obs: 437558 / % possible obs: 63.7 % / Rmerge(I) obs: 0.155

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: canine parvovirus model

解像度: 3.5→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数
Rfree0.329 -
Rwork0.325 -
all-441933
obs-437558
原子変位パラメータBiso mean: 21.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4328 415 20 101 4864
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.619

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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