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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z11 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Human Microsomal P450 2A6 with Methoxsalen Bound | ||||||
![]() | cytochrome P450, family 2, subfamily A, polypeptide 6 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / CYP2A6 / P450 2A6 / P450 / monooxygenase / drug metabolizing enzyme / coumarin 7-hydroxylase / nicotine oxidase / heme / methoxsalen | ||||||
機能・相同性 | ![]() coumarin catabolic process / coumarin 7-hydroxylase activity / coumarin metabolic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / CYP2E1 reactions / arachidonic acid epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / steroid metabolic process ...coumarin catabolic process / coumarin 7-hydroxylase activity / coumarin metabolic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / CYP2E1 reactions / arachidonic acid epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / steroid metabolic process / cytoplasmic microtubule / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yano, J.K. / Hsu, M.H. / Griffin, K.J. / Stout, C.D. / Johnson, E.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of human microsomal cytochrome P450 2A6 complexed with coumarin and methoxsalen 著者: Yano, J.K. / Hsu, M.H. / Griffin, K.J. / Stout, C.D. / Johnson, E.F. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE Residues 1-28 were replaced with the sequence MAKKTS. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 387.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 318.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 78.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 103.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly has not been determined but thought to be a monomer. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54671.637 Da / 分子数: 4 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-8MO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG3350, Tris, ammonium sulfate, Anapoe-X-405, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月4日 / 詳細: double crystal monochromator | |||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 143181 / Num. obs: 140326 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 30 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.243 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 12584 / % possible all: 88.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Coumarin complex of CYP2A6, pdb entry 1Z10 解像度: 2.05→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
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拘束条件 |
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