PDB-1z0m: the glycogen-binding domain of the AMP-activated protein kinase b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z0m

タイトル

the glycogen-binding domain of the AMP-activated protein kinase beta1 subunit

要素

5'-AMP-activated protein kinase, beta-1 subunit

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / beta sandwich

機能・相同性

機能・相同性情報

Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Macroautophagy / TP53 Regulates Metabolic Genes / nail development / nucleotide-activated protein kinase complex / cellular response to nutrient levels / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of cold-induced thermogenesis / protein kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換, NCS averaging /

多重同系置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Polekhina, G. / Gupta, A. / van Denderen, B.J. / Feil, S.C. / Kemp, B.E. / Stapleton, D. / Parker, M.W.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Structural Basis for Glycogen Recognition by AMP-Activated Protein Kinase.
著者: Polekhina, G. / Gupta, A. / van Denderen, B.J. / Feil, S.C. / Kemp, B.E. / Stapleton, D. / Parker, M.W.

履歴

登録	2005年3月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z0m.cif.gz	74.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z0m.ent.gz	56.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z0m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1z0m_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1z0m_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	1z0m_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	1z0m_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/1z0m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/1z0m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1z0nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1z0n-1 4yee-15 4yef-1 4yee-2 4yee-10 4yef-3 2mml-d 4yee-16 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-AMP-activated protein kinase, beta-1 subunit

B: 5'-AMP-activated protein kinase, beta-1 subunit

C: 5'-AMP-activated protein kinase, beta-1 subunit

ヘテロ分子

36.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5'-AMP-activated protein kinase, beta-1 subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 5'-AMP-activated protein kinase, beta-1 subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: 5'-AMP-activated protein kinase, beta-1 subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.735, 44.891, 50.335
Angle α, β, γ (deg.)	70.72, 68.77, 65.79
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PRO	PRO	GLY	GLY	2	A	A	79 - 95	12 - 28
2	1	1	PRO	PRO	GLY	GLY	2	B	B	79 - 95	12 - 28
3	1	1	PRO	PRO	GLY	GLY	2	C	C	79 - 95	12 - 28
4	2	1	LYS	LYS	PRO	PRO	2	A	A	102 - 104	35 - 37
5	2	1	LYS	LYS	PRO	PRO	2	B	B	102 - 104	35 - 37
6	2	1	LYS	LYS	PRO	PRO	2	C	C	102 - 104	35 - 37
7	3	1	PHE	PHE	THR	THR	2	A	A	112 - 143	45 - 76
8	3	1	PHE	PHE	THR	THR	2	B	B	112 - 143	45 - 76
9	3	1	PHE	PHE	THR	THR	2	C	C	112 - 143	45 - 76
10	4	1	VAL	VAL	ILE	ILE	2	A	A	149 - 152	82 - 85
11	4	1	VAL	VAL	ILE	ILE	2	B	B	149 - 152	82 - 85
12	4	1	VAL	VAL	ILE	ILE	2	C	C	149 - 152	82 - 85
1	1	2	SER	SER	SER	SER	5	A	A	96 - 101	29 - 34
2	1	2	SER	SER	SER	SER	5	B	B	96 - 101	29 - 34
3	1	2	SER	SER	SER	SER	5	C	C	96 - 101	29 - 34
4	2	2	LEU	LEU	ASN	ASN	5	A	A	105 - 111	38 - 44
5	2	2	LEU	LEU	ASN	ASN	5	B	B	105 - 111	38 - 44
6	2	2	LEU	LEU	ASN	ASN	5	C	C	105 - 111	38 - 44
7	3	2	SER	SER	THR	THR	5	A	A	144 - 148	77 - 81
8	3	2	SER	SER	THR	THR	5	B	B	144 - 148	77 - 81
9	3	2	SER	SER	THR	THR	5	C	C	144 - 148	77 - 81

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質

5'-AMP-activated protein kinase, beta-1 subunit / AMPK beta-1 chain / AMPKb / 40 kDa subunit

分子量: 10908.112 Da / 分子数: 3 / 断片: 68-163 of beta1 subunit / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pProEX HT / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P80386

#2: 多糖

Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / beta-cyclodextrin

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: beta-cyclodextrin

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化	温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG, monomethyl ether 5000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月4日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 23738 / Num. obs: 23738 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.039 / Χ²: 1.585
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / % possible obs: 81.6 % / R_merge(I) obs: 0.181 / Num. measured obs: 2004 / Χ²: 1.872 / % possible all: 81.6

-
位相決定

位相決定	手法: 多重同系置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
CNS		精密化
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.6	データ抽出
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換, NCS averaging / 解像度: 1.91→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 4.108 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24268	1213	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19059	-	-	-
all	0.195	23738	-	-
obs	0.227	23738	95.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.14 Å²	0.94 Å²	-1.29 Å²
2-	-	-0.29 Å²	-2.13 Å²
3-	-	-	3.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2001	0	231	200	2432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2313
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.739	2.048	3186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.818	5	245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.902	24.615	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.499	15	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.741	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.201	0.2	403
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.036	0.02	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	901
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.32	0.2	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.234	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.241	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.888	2	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.132	3	2008
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.089	2	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.195	3.5	1178

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	212	tight positional	0.26	0.25
1	2	B	212	tight positional	0.22	0.25
1	3	C	212	tight positional	0.31	0.25
1	1	A	213	medium positional	0.67	0.6
1	2	B	213	medium positional	0.59	0.6
1	3	C	213	medium positional	0.68	0.6
1	1	A	212	tight thermal	3.14	3
1	2	B	212	tight thermal	3.77	3
1	3	C	212	tight thermal	5.25	3
1	1	A	213	medium thermal	4.7	5
1	2	B	213	medium thermal	4.12	5
1	3	C	213	medium thermal	5.76	5
2	1	A	72	medium positional	0.36	0.8
2	2	B	72	medium positional	0.57	0.8
2	3	C	72	medium positional	0.41	0.8
2	1	A	72	loose positional	0.9	5
2	2	B	72	loose positional	1.1	5
2	3	C	72	loose positional	0.97	5
2	1	A	72	medium thermal	5.61	2
2	2	B	72	medium thermal	2.82	2
2	3	C	72	medium thermal	5.53	2
2	1	A	72	loose thermal	6.16	10
2	2	B	72	loose thermal	3.94	10
2	3	C	72	loose thermal	6.94	10

LS精密化シェル

解像度: 1.905→1.955 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	73	-
R_work	0.237	1280	-
obs	-	-	74.26 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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