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万見
- PDB-1yzy: Crystal structure of Haemophilus influenzae protein HI1011, Pfam ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yzy
タイトルCrystal structure of Haemophilus influenzae protein HI1011, Pfam DUF1537
要素Hypothetical protein HI1011
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PUTATIVE TRNA SYNTHASE / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


3-dehydrotetronate 4-kinase / kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Putative sugar-binding, N-terminal domain / Four-carbon acid sugar kinase, nucleotide binding domain / : / Four-carbon acid sugar kinase, N-terminal domain / Four-carbon acid sugar kinase, nucleotide binding domain / Four-carbon acid sugar kinase, N-terminal domain superfamily / Four-carbon acid sugar kinase, nucleotide binding domain superfamily / Sugar-binding N-terminal domain / Nucleotide-binding C-terminal domain / Molybdenum Cofactor Biosythetic Enzyme; Chain A ...Putative sugar-binding, N-terminal domain / Four-carbon acid sugar kinase, nucleotide binding domain / : / Four-carbon acid sugar kinase, N-terminal domain / Four-carbon acid sugar kinase, nucleotide binding domain / Four-carbon acid sugar kinase, N-terminal domain superfamily / Four-carbon acid sugar kinase, nucleotide binding domain superfamily / Sugar-binding N-terminal domain / Nucleotide-binding C-terminal domain / Molybdenum Cofactor Biosythetic Enzyme; Chain A / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxo-tetronate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Haemophilus Influenzae Hypothetical Protein HI1011
著者: Patskovsky, Y. / Almo, S.C.
履歴
登録2005年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein HI1011
B: Hypothetical protein HI1011


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6532
ポリマ－89,6532
非ポリマー00
水7,008389
1
A: Hypothetical protein HI1011


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8271
ポリマ－44,8271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical protein HI1011


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8271
ポリマ－44,8271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.240, 82.390, 84.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細the biological assembly may be a monomer. the asymmetric unit contains two protein monomers

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein HI1011


分子量: 44826.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: HI1011 / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P44093
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.97 %
結晶化温度: 290 K / pH: 5.6
詳細: PEG3350, 0.1M Bis-Tris, pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 87 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月7日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 47055 / Num. obs: 47055 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.55 % / Biso Wilson estimate: 14.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.226 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 3377 / Rsym value: 0.247 / % possible all: 66.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 271457.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 1400 3 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all0.223 47055 --
obs0.213 46471 90.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.94 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å20 Å2-5.49 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3---0.28 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.27 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6292 0 0 389 6681
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.26
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.963
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.854.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.164
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.296
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 198 3.5 %
Rwork0.298 5391 -
obs--66.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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