PDB-1yzv: HYPOTHETICAL PROTEIN FROM TRYPANOSOMA CRUZI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yzv

タイトル

HYPOTHETICAL PROTEIN FROM TRYPANOSOMA CRUZI

要素

HYPOTHETICAL PROTEIN

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP

機能・相同性

: / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Ribonuclease mar1, putative

機能・相同性情報

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.001 Å

データ登録者

Caruthers, J. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: Crystal structures and proposed structural/functional classification of three protozoan proteins from the isochorismatase superfamily.
著者: Caruthers, J. / Zucker, F. / Worthey, E. / Myler, P.J. / Buckner, F. / Van Voorhuis, W. / Mehlin, C. / Boni, E. / Feist, T. / Luft, J. / Gulde, S. / Lauricella, A. / Kaluzhniy, O. / Anderson, ...

履歴

登録	2005年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2012年10月24日	Group: Database references
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE The sequence of this protein can be found at GeneDB with sequence ID Tc00.1047053505945.20.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1yzv.cif.gz	55.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1yzv.ent.gz	40.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1yzv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1yzv_validation.pdf.gz	437.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1yzv_full_validation.pdf.gz	438.4 KB	表示
XML形式データ	1yzv_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	1yzv_validation.cif.gz	15.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/1yzv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/1yzv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1x9gC 1xn4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1xn4-1 3lke-d 2z0r-8 1x9g-1 2z0r-7 6j0l-3 3i1k-2 5n0u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Tcru003547AAA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HYPOTHETICAL PROTEIN

ヘテロ分子

22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HYPOTHETICAL PROTEIN

ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL PROTEIN

ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL PROTEIN

ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: HYPOTHETICAL PROTEIN

ヘテロ分子

x 24

ソフトウェアが定義した集合体
544 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_665	-x+1,-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_656	-x+1,y,-z+1	1
crystal symmetry operation	4_566	x,-y+1,-z+1	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_566	z,-x+1,-y+1	1
crystal symmetry operation	7_665	-z+1,-x+1,y	1
crystal symmetry operation	8_656	-z+1,x,-y+1	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_656	-y+1,z,-x+1	1
crystal symmetry operation	11_566	y,-z+1,-x+1	1
crystal symmetry operation	12_665	-y+1,-z+1,x	1
crystal symmetry operation	13_556	y,x,-z+1	1
crystal symmetry operation	14_666	-y+1,-x+1,-z+1	1
crystal symmetry operation	15_565	y,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	16_655	-y+1,x,z	1
crystal symmetry operation	17_556	x,z,-y+1	1
crystal symmetry operation	18_655	-x+1,z,y	1
crystal symmetry operation	19_666	-x+1,-z+1,-y+1	1
crystal symmetry operation	20_565	x,-z+1,y	1
crystal symmetry operation	21_556	z,y,-x+1	1
crystal symmetry operation	22_565	z,-y+1,x	1
crystal symmetry operation	23_655	-z+1,y,x	1
crystal symmetry operation	24_666	-z+1,-y+1,-x+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.142, 121.142, 121.142
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	207
Space group name H-M	P432

詳細

The biological assembly is a tetramer generated by the crystallographic 4-fold

#1: タンパク質	HYPOTHETICAL PROTEIN 分子量: 22561.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4D3U8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.52 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.4 ul protein 19 mg/ml 0.4 ul crystallization buffer 20% PEG 4000, 100 mM CaCl2, 100 mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→18.47 Å / Num. obs: 21028 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9.9 % / B_iso Wilson estimate: 18.02 Å² / R_merge(I) obs: 0.183 / Net I/σ(I): 12

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
EPMR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.001→18.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / WR_factor R_free: 0.175 / WR_factor R_work: 0.147 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.11 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1868	1056	5.029 %
R_work	0.1568	-	-
obs	-	20998	99.413 %

溶媒の処理

溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.918 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.001→18.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1495	0	5	166	1666

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	1531
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.617	1.961	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.913	3	3286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.201	5	194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.132	24.138	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.038	15	265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.867	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	1678
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	294
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	311
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.175	0.2	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	758
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	869
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.218	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.24	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.158	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.635	1.5	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.703	1.5	395
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.976	2	1571
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.33	2	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.332	3	643
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.799	3	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.799	4.5	504
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.34	4.5	1953

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.001-2.107	0.228	152	0.182	2768	2983	97.888
2.107-2.233	0.211	138	0.161	2665	2817	99.503
2.233-2.385	0.206	150	0.155	2517	2679	99.552
2.385-2.573	0.196	141	0.152	2345	2492	99.759
2.573-2.813	0.209	104	0.155	2199	2313	99.568
2.813-3.136	0.183	92	0.155	2021	2120	99.67
3.136-3.603	0.152	87	0.151	1792	1884	99.735
3.603-4.372	0.173	86	0.139	1561	1648	99.939
4.372-6.017	0.177	58	0.161	1255	1314	99.924
6.017-18.474	0.166	48	0.188	819	872	99.427

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 72.3792 Å / Origin y: 41.4615 Å / Origin z: 102.7344 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0157 Å²	0.0041 Å²	0.0019 Å²	-	-0.0065 Å²	-0.0048 Å²	-	-	-0.0273 Å²
L	0.6055 °²	0.2534 °²	0.0215 °²	-	0.3263 °²	-0.0558 °²	-	-	0.2379 °²
S	-0.0051 Å °	0.0131 Å °	-0.0653 Å °	-0.006 Å °	0.0167 Å °	-0.0378 Å °	-0.0016 Å °	0.0139 Å °	-0.0116 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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