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万見
- PDB-1yzd: Crystal structure of an RNA duplex containing a site specific 2'-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yzd
タイトルCrystal structure of an RNA duplex containing a site specific 2'-amine substitution at a C-G Watson-Crick base pair
要素RNA 5'-R(*GP*CP*AP*GP*AP*(A5M)P*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*C)-3'
キーワードRNA / 2'-AMINE / DUPLEX
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Gherghe, C.M. / Krahn, J.M. / Weeks, K.M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2005
タイトル: Crystal structures, reactivity and inferred acylation transition States for 2'-amine substituted RNA.
著者: Gherghe, C.M. / Krahn, J.M. / Weeks, K.M.
履歴
登録2005年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNA 5'-R(*GP*CP*AP*GP*AP*(A5M)P*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*C)-3'
A: RNA 5'-R(*GP*CP*AP*GP*AP*(A5M)P*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*C)-3'
C: RNA 5'-R(*GP*CP*AP*GP*AP*(A5M)P*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3314
ポリマ－15,2913
非ポリマー401
水52229
1
B: RNA 5'-R(*GP*CP*AP*GP*AP*(A5M)P*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*C)-3'
A: RNA 5'-R(*GP*CP*AP*GP*AP*(A5M)P*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2343
ポリマ－10,1942
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: RNA 5'-R(*GP*CP*AP*GP*AP*(A5M)P*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*C)-3'

C: RNA 5'-R(*GP*CP*AP*GP*AP*(A5M)P*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1942
ポリマ－10,1942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)43.000, 43.000, 121.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-19-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 RNA 5'-R(*GP*CP*AP*GP*AP*(A5M)P*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*C)-3'


分子量: 5097.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.76 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: MPD, sodium cacodylate, spermidine, magnesium chloride, calcium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2sodium cacodylate11
3spermidine11
4magnesium chloride11
5calcium chloride11
6H2O11
7MPD12
8sodium cacodylate12
9magnesium chloride12
10calcium chloride12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→31.7 Å / Num. all: 7277 / Num. obs: 6646 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 21.79 % / Biso Wilson estimate: 28.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.18→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 3.37 / Num. unique all: 405 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 57.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→8.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 852998.37 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 301 5.4 %RANDOM
Rwork0.236 ---
all0.265 5567 --
obs0.236 5556 98 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.0361 Å2 / ksol: 0.405429 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.45 Å22.19 Å20 Å2
2--4.45 Å20 Å2
3----8.91 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→8.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1011 1 29 1041
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d6.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.33
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it01.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.922.5
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.067 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 38 4.4 %
Rwork0.302 824 -
obs--92.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1C2N.PARAMC2N.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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