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- PDB-1yzb: Solution structure of the Josephin domain of Ataxin-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yzb
タイトルSolution structure of the Josephin domain of Ataxin-3
要素Machado-Joseph disease protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / papain-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to cytosolic proteasome complex / regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of ERAD pathway / monoubiquitinated protein deubiquitination / intermediate filament cytoskeleton organization / protein K48-linked deubiquitination / nuclear inclusion body / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein K63-linked deubiquitination / cellular response to misfolded protein ...protein localization to cytosolic proteasome complex / regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of ERAD pathway / monoubiquitinated protein deubiquitination / intermediate filament cytoskeleton organization / protein K48-linked deubiquitination / nuclear inclusion body / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein K63-linked deubiquitination / cellular response to misfolded protein / K48-linked deubiquitinase activity / K63-linked deubiquitinase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / Josephin domain DUBs / mitochondrial membrane / nucleotide-excision repair / nuclear matrix / microtubule cytoskeleton organization / nervous system development / cellular response to heat / ATPase binding / actin cytoskeleton organization / ubiquitin-dependent protein catabolic process / chemical synaptic transmission / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / mitochondrial matrix / lysosomal membrane / ubiquitin protein ligase binding / synapse / nucleolus / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cathepsin B; Chain A - #40 / Unstructured region C-term to UIM in Ataxin3 / Machado-Joseph disease protein / Josephin domain / Josephin / Josephin domain profile. / Josephin / Ubiquitin interaction motif / S15/NS1, RNA-binding / Ubiquitin-interacting motif. ...Cathepsin B; Chain A - #40 / Unstructured region C-term to UIM in Ataxin3 / Machado-Joseph disease protein / Josephin domain / Josephin / Josephin domain profile. / Josephin / Ubiquitin interaction motif / S15/NS1, RNA-binding / Ubiquitin-interacting motif. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / Cathepsin B; Chain A / Helix Hairpins / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Nicastro, G. / Masino, L. / Menon, R.P. / Knowles, P.P. / McDonald, N.Q. / Pastore, A.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: The solution structure of the Josephin domain of ataxin-3: Structural determinants for molecular recognition
著者: Nicastro, G. / Menon, R.P. / Masino, L. / Knowles, P.P. / McDonald, N.Q. / Pastore, A.
#1: ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2004
タイトル: Assignment of the 1H, 13C, and 15N resonances of the Josephin domain of human ataxin-3
著者: Nicastro, G. / Masino, L. / Frenkiel, T.A. / Kelly, G. / McCormick, J. / Menon, R.P. / Pastore, A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Characterization of the structure and the amyloidogenic properties of the Josephin domain of the polyglutamine-containing protein ataxin-3
著者: Masino, L. / Nicastro, G. / Menon, R.P. / Dal Piaz, F. / Calder, L. / Pastore, A.
#3: ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2003
タイトル: Domain architecture of the polyglutamine protein ataxin-3: a globular domain followed by a flexible tail
著者: Masino, L. / Musi, V. / Menon, R.P. / Fusi, P. / Kelly, G. / Frenkiel, T.A. / Trottier, Y. / Pastore, A.
履歴
登録2005年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Machado-Joseph disease protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0541
ポリマ－21,0541
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Machado-Joseph disease protein 1 / Ataxin-3 / Spinocerebellar ataxia type 3 protein


分子量: 21053.768 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain of Ataxin-3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54252

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

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試料調製

詳細内容: 0.4mM of Josephin 15N, 13C; 20mM sodium phosphate buffer (pH 6.5); 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 20mM sodium phosphate / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2000Delaglio F.解析
ARIA1.2Nilges M.構造決定
ARIA1.2Nilges M.精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 5532 unambiguous and 927 ambiguous restraints, 114 dihedral angle restraints, 44 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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