[日本語] English
万見
- PDB-1yz2: Solution structure of Am2766 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yz2
タイトルSolution structure of Am2766
要素Delta-conotoxin Am 2766
キーワードTOXIN / Delta conotoxin / molluscivorous snail / inhibitory cysteine knot motif / 15 structures
機能・相同性Conotoxin, delta-type, conserved site / Delta-conotoxin family signature. / sodium channel inhibitor activity / : / toxin activity / extracellular region / Delta-conotoxin Am2766
機能・相同性情報
生物種Conus amadis (無脊椎動物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Sarma, S.P. / Kumar, G.S. / Sudarslal, S. / Iengar, P. / Sikdar, S.K. / Krishnan, K.S. / Balaram, P.
引用ジャーナル: CHEM.BIODIVERS. / 年: 2005
タイトル: Solution Structure of delta-Am2766: A Highly Hydrophobic delta-Conotoxin from Conus amadis That Inhibits Inactivation of Neuronal Voltage-Gated Sodium Channels
著者: Sarma, S.P. / Kumar, G.S. / Sudarslal, S. / Iengar, P. / Ramasamy, P. / Sikdar, S.K. / Krishnan, K.S. / Balaram, P.
履歴
登録2005年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_software ...pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _pdbx_nmr_representative.selection_criteria / _pdbx_nmr_software.authors ..._pdbx_nmr_representative.selection_criteria / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_software.version / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Delta-conotoxin Am 2766


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,7721
ポリマ－2,7721
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area120 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area1940 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #11

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Delta-conotoxin Am 2766


分子量: 2772.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Conus amadis (無脊椎動物) / Secretion: venom / 参照: UniProt: P60179

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
1212D NOESY
1312D TOCSY
1412D ROESY
1512D 1H-13C HSQC
1622D TOCSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12-3mM delta Am276699% CD3OH
22-3mM delta Am276699% CD3OD
試料状態圧: Ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6001
Bruker DRXBrukerDRX5002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1AVARIAN精密化
X-PLOR-NIH2.9.1SCHWIETERS精密化
XwinNMR2.6構造決定
NMRPIPE VERSION2.3構造決定
ANSIG3.3構造決定
X-PLOR-NIH2.9.1構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 15

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る