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万見
- PDB-1yyp: Crystal structure of cytomegalovirus UL44 bound to C-terminal pep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yyp
タイトルCrystal structure of cytomegalovirus UL44 bound to C-terminal peptide from CMV UL54
要素
  • DNA polymerase
  • DNA polymerase processivity factor
キーワードREPLICATION/TRANSFERASE / PROCESSIVITY FOLD (SAME FOLD AS HSV UL42 / PCNA / AND HOMOTRIMERIC SLIDING CLAMPS) / REPLICATION-TRANSFERASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / DNA polymerase processivity factor activity / virion component / DNA-templated DNA replication / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nucleotide binding ...bidirectional double-stranded viral DNA replication / DNA polymerase processivity factor activity / virion component / DNA-templated DNA replication / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nucleotide binding / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus polymerase accessory protein / Herpesvirus polymerase accessory protein / Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. ...Herpesvirus polymerase accessory protein / Herpesvirus polymerase accessory protein / Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / : / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase catalytic subunit / DNA polymerase processivity factor
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Appleton, B.A. / Brooks, J. / Loregian, A. / Filman, D.J. / Coen, D.M. / Hogle, J.M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the cytomegalovirus DNA polymerase subunit UL44 in complex with the C terminus from the catalytic subunit. Differences in structure and function relative to unliganded UL44.
著者: Appleton, B.A. / Brooks, J. / Loregian, A. / Filman, D.J. / Coen, D.M. / Hogle, J.M.
#1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: The cytomegalovirus DNA polymerase subunit UL44 forms a C clamp-shaped dimer
#2: ジャーナル: J.Virol. / 年: 2004
タイトル: Specific residues in the connector loop of the human cytomegalovirus DNA polymerase accessory protein UL44 are crucial for interaction with the UL54 catalytic subunit
#3: ジャーナル: J.Virol. / 年: 2004
タイトル: Residues of human cytomegalovirus DNA polymerase catalytic subunit UL54 that are necessary and sufficient for interaction with the accessory protein UL44
#4: ジャーナル: J.Virol. / 年: 1992
タイトル: Physical and functional interaction of human cytomegalovirus DNA polymerase and its accessory protein (ICP36) expressed in insect cells
履歴
登録2005年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE AUTHOR STATES THAT THE SER 205 IS INDEED CORRECT AND IT MAY REPRESENT A DIFFERENT ISOLATE ...SEQUENCE AUTHOR STATES THAT THE SER 205 IS INDEED CORRECT AND IT MAY REPRESENT A DIFFERENT ISOLATE CYTOMEGALOVIRUS, REFERRING TO ERTL PF, POWELL KL. "PHYSICAL AND FUNCTIONAL INTERACTION OF HUMAN CYTOMEGALOVIRUS DNA POLYMERASE AND ITS ACCESSORY PROTEIN (ICP36) EXPRESSED IN INSECT CELLS." J VIROL. 1992 JUL;66(7):4126-33.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase processivity factor
B: DNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7329
ポリマ－35,1622
非ポリマー5707
水86548
1
A: DNA polymerase processivity factor
B: DNA polymerase
ヘテロ分子

A: DNA polymerase processivity factor
B: DNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,46418
ポリマ－70,3234
非ポリマー1,14114
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_755-x+2,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)91.787, 127.592, 65.975
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase processivity factor / Polymerase accessory protein / PAP / ICP36 protein


分子量: 32576.506 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
属: Cytomegalovirus / 遺伝子: UL44 / プラスミド: pDEST15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P16790
#2: タンパク質・ペプチド DNA polymerase / POL


分子量: 2585.077 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL 22 RESIDUES / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: P08546, DNA-directed DNA polymerase
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 2 M ammonium sulfate, 100 mM phosphate-citrate, and 10 mM DTT , pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793, 0.9794, 1.008, 0.9537
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月9日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97941
31.0081
40.95371
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 13819 / Num. obs: 13802 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 53.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 0.966 / Net I/σ(I): 44.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 13.7 / Num. measured obs: 1697 / Num. unique all: 1697 / Χ2: 0.771 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
4
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
14 wavelength10.97936.3-8.2
14 wavelength20.95373.61-2.65
14 wavelength30.97943.4-10.8
14 wavelength41.0080.53-3.02
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se52.3860.1270.2410.1521.048
2Se44.1320.0420.2740.1610.829
3Se600.4540.1190.1141.041
4Se40.89900.280.2030.653
Phasing dmFOM : 0.73 / FOM acentric: 0.74 / FOM centric: 0.72 / 反射: 13733 / Reflection acentric: 12117 / Reflection centric: 1616
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.1-29.3020.950.960.94634454180
4.5-7.10.920.930.8718711560311
3.6-4.50.890.90.8523142029285
3.1-3.60.810.810.7523102063247
2.7-3.10.640.650.5440853707378
2.5-2.70.480.490.4125192304215

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.02位相決定
RESOLVE2.02位相決定
REFMAC5.1.19精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 7.01 / SU ML: 0.157 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.354 / ESU R Free: 0.237
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 687 5 %RANDOM
Rwork0.195 ---
all0.197 ---
obs0.197 13046 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å20 Å20 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2105 0 32 48 2185
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.881.9682950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg0.3495266
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.021582
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.2871
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2510.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4680.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.28521349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.6742202
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.7464825
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.7846748
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.634 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.304 106
Rwork0.203 1870
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 70.1423 Å / Origin y: 25.0227 Å / Origin z: 24.8646 Å
111213212223313233
T0.0515 Å20.0273 Å20.0151 Å2-0.0738 Å2-0.0211 Å2--0.0187 Å2
L3.2973 °22.6233 °2-0.2691 °2-4.7507 °2-0.5573 °2--1.482 °2
S-0.1542 Å °0.1009 Å °0.0496 Å °-0.091 Å °0.2226 Å °0.2762 Å °0.0485 Å °-0.0723 Å °-0.0684 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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