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- PDB-1yy7: Crystal structure of stringent starvation protein A (SspA), an RN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yy7
タイトルCrystal structure of stringent starvation protein A (SspA), an RNA polymerase-associated transcription factor
要素stringent starvation protein A
キーワードTRANSCRIPTION / GST fold
機能・相同性
機能・相同性情報


Stringent starvation protein A, N-terminal / Stringent starvation protein A, C-terminal / : / Glutaredoxin domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 ...Stringent starvation protein A, N-terminal / Stringent starvation protein A, C-terminal / : / Glutaredoxin domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Stringent starvation protein A / :
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Hansen, A.-M. / Gu, Y. / Li, M. / Andrykovitch, M. / Waugh, D.S. / Jin, D.J. / Ji, X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural basis for the function of stringent starvation protein A as a transcription factor
著者: Hansen, A.-M. / Gu, Y. / Li, M. / Andrykovitch, M. / Waugh, D.S. / Jin, D.J. / Ji, X.
履歴
登録2005年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2 / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: stringent starvation protein A
B: stringent starvation protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4914
ポリマ－49,1062
非ポリマー3842
水7,945441
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.412, 100.412, 181.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-451-

HOH

詳細The asymmetric unit contains a biological dimer of SspA

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要素

#1: タンパク質 stringent starvation protein A / SspA


分子量: 24553.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: sspA / プラスミド: RIL / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8ZB63, UniProt: A0A5P8YJZ1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.654 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: diammonium hydrogen citrate, PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.06129 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06129 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→30 Å / Num. obs: 36005 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.97 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 16.12
反射 シェル解像度: 2.02→2.09 Å / 冗長度: 5.61 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 2.83 / Num. unique all: 3455 / % possible all: 97.4

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位相決定

位相決定手法: 多重同系置換・異常分散
Phasing MIR解像度: 2.4→30 Å / FOM: 0.31 / 反射: 21405
Phasing MIR der
IDDer set-ID
11
21
31
41
51
61
Phasing MIR der site

Atom type symbol: Pt

IDDer-IDBiso (Å)Fract xFract yFract zOccupancy
11150.03270.61940.0320.488
1248.72550.6220.4460.02550.5112
1333.51350.1320.13120.02610.5944
1444.78090.77830.82280.00140.5276
15150.97170.50030.08130.1362
16600.00460.30990.04410.3534
2145.89540.7780.82320.00260.4844
2239.63590.1290.13420.02620.4549
2341.16230.02950.62130.030.4884
2420.99380.61750.44750.02680.3584
25150.75510.44780.0140.0366
26150.46650.93940.07330.0892
Phasing MIR shell
解像度 (Å)FOM反射
8.53-300.51122
5.42-8.530.51848
4.25-5.420.392316
3.61-4.250.342690
3.19-3.610.323002
2.89-3.190.283234
2.66-2.890.23487
2.48-2.660.193706

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SOLVE2.01位相決定
SHARP位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.02→29.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 3084777.25 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1785 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
all0.181 36005 --
obs0.181 36005 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.736 Å2 / ksol: 0.379 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.94 Å20.32 Å20 Å2
2---0.94 Å20 Å2
3---1.88 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.2 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→29.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3333 0 26 441 3800
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal targetWeight
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.30
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.20
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.920
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.6101.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.4102
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.3702
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.6102.5
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 252 5.2 %
Rwork0.239 4555 -
obs-4555 79.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein.topprotein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water.topwater_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.topion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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