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万見
- PDB-1yy2: NMR Conformational Analysis of LHRH and its analogues -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yy2
タイトルNMR Conformational Analysis of LHRH and its analogues
要素Leuprolide
キーワードANTITUMOR PROTEIN / U-shape like peptide
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Spyroulias, G.A. / Zompra, A. / Magafa, V. / Cordopatis, P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Conformational Analysis of LHRH and its analogues
著者: Spyroulias, G.A. / Zompra, A. / Magafa, V. / Cordopatis, P.
履歴
登録2005年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_poly / pdbx_entity_src_syn ...entity_poly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.details ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02023年3月1日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site
Item: _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id ..._atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.12024年10月23日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leuprolide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,2111
ポリマ－1,2111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area190 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area1340 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 400target function
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Leuprolide


分子量: 1211.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: modified sequence of LHRH / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TOCSY
1212D NOESY
1311H-13C HSQC
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細内容: 2.0mM-3.0mM / 溶媒系: DMSO
試料状態圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DPX / 製造業者: Bruker / モデル: DPX / 磁場強度: 400 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.1Brukercollection
XwinNMR3.1Bruker解析
XEASY1.3C.Eccles, P.Guntert, M.Billeter, K.Wuthrichデータ解析
DYANA1.5P.Guntert, C.Mumenthaler, K.Wuthrich構造決定
Amber5D.A.PEARLMAN, D.A.CASE, W.CALDWELL, W.S.ROSS, T.E.CHEATHAM, D.M.FERGUSON, G.L.SEIBEL, U.C.SINGH, P.K.WEINER, P.A.KOLLMAN精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The models have been determined using 135 NOE-derived distance constraints
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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