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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yxy | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of putative N-acetylmannosamine-6-P epimerase from Streptococcus pyogenes (APC29713) Structural genomics, MCSG | ||||||
![]() | Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / Structural genomics / epimerase / Streptococcus pyogenes / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase / N-acetylmannosamine catabolic process / N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rotella, F.J. / Zhang, R.G. / Lezondra, L.E.O. / Collart, F.R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The 1.6 A crystal structure of putative N-acetylmannosamine-6-P epimerase from Streptococcus pyogenes 著者: Rotella, F.J. / Zhang, R.G. / Lezondra, L.E.O. / Collart, F.R. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | the biological assembly is a dimer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25094.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: nanE / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P65522, N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.86 % |
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結晶化 | 温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: ammonium sulfate, BIS-TRIS buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月7日 詳細: horizontal-focussing Si-111 double-crystal monochromator and vertical-focusing mirror |
放射 | モノクロメーター: sagitally focused Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979484 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 69461 / Num. obs: 68381 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 30.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 26 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.809 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 6793 / % possible all: 98.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.286 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.182 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.639 Å / Total num. of bins used: 20
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