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- PDB-1yxm: Crystal structure of peroxisomal trans 2-enoyl CoA reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yxm
タイトルCrystal structure of peroxisomal trans 2-enoyl CoA reductase
要素peroxisomal trans 2-enoyl CoA reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / perioxisomes / fatty acid synthesis / enoyl CoA / short-chain dehydrogenases/reductases / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-enoyl-CoA reductase (NADPH) / phytol metabolic process / Alpha-oxidation of phytanate / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADPH) activity / peroxisomal membrane / Peroxisomal protein import / fatty acid biosynthetic process / peroxisome / signaling receptor binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENINE / PHOSPHATE ION / Peroxisomal trans-2-enoyl-CoA reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Jansson, A. / Ng, S. / Arrowsmith, C. / Sharma, S. / Edwards, A.M. / Von Delft, F. / Sundstrom, M. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of perixomal trans 2-enoyl CoA reductase (PECRA)
著者: Jansson, A. / Ng, S. / Arrowsmith, C. / Sharma, S. / Edwards, A.M. / Von Delft, F. / Sundstrom, M. / Oppermann, U.
履歴
登録2005年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: peroxisomal trans 2-enoyl CoA reductase
B: peroxisomal trans 2-enoyl CoA reductase
C: peroxisomal trans 2-enoyl CoA reductase
D: peroxisomal trans 2-enoyl CoA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,93910
ポリマ－130,3254
非ポリマー6146
水6,738374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18230 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area37190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.152, 119.014, 119.909
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1GLYGLYLYSLYSAA7 - 3007 - 300
2ARGARGLYSLYSBB8 - 2988 - 298
3ALAALAGLUGLUCC5 - 2995 - 299
4ARGARGLYSLYSDD8 - 3008 - 300

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要素

#1: タンパク質
peroxisomal trans 2-enoyl CoA reductase / PECRA


分子量: 32581.270 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: pecr / プラスミド: hPECR-p11T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9BY49, EC: 1.3.1.8
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.1 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Ammonium sulphate, Sodium chloride, Sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47.35 Å / Num. all: 88511 / Num. obs: 88511 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 42
反射 シェル解像度: 1.9→2.06 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.445 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1VL8

1vl8


解像度: 1.9→47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 7.325 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24459 4302 5 %RANDOM
Rwork0.20417 ---
all0.20621 81985 --
obs0.20621 81985 97.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.504 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8288 0 35 374 8697
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0228493
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6761.95311560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.879317885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.73951133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.77324.459296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.487151284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.1281525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021658
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.21823
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.27682
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.24307
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.24889
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1690.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1720.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3490.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0061.55701
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4221.52348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.64828943
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.53133172
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6594.52615
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1480medium positional0.310.5
2B1480medium positional0.440.5
3C1480medium positional0.370.5
4D1480medium positional0.320.5
1A1965loose positional0.635
2B1965loose positional0.595
3C1965loose positional0.565
4D1965loose positional0.565
1A1480medium thermal1.732
2B1480medium thermal2.792
3C1480medium thermal2.622
4D1480medium thermal1.942
1A1965loose thermal2.2810
2B1965loose thermal3.2310
3C1965loose thermal3.3210
4D1965loose thermal2.5410
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 292 -
Rwork0.25 5758 -
obs--93.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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