PDB-1yxa: Serpina3n, a murine orthologue of human antichymotrypsin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yxa

タイトル

Serpina3n, a murine orthologue of human antichymotrypsin

要素

serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade A, member 3N

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / Serpin / antichymotrypsin / protease inhibitor / reactive centre loop / plasma

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of endopeptidase activity / response to cytokine / acute-phase response / response to bacterium / serine-type endopeptidase inhibitor activity / response to peptide hormone / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Horvath, A.J. / Irving, J.A. / Law, R.H. / Rossjohn, J. / Bottomley, S.P. / Quinsey, N.S. / Pike, R.N. / Coughlin, P.B. / Whisstock, J.C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: The murine orthologue of human antichymotrypsin: a structural paradigm for clade A3 serpins.
著者: Horvath, A.J. / Irving, J.A. / Rossjohn, J. / Law, R.H. / Bottomley, S.P. / Quinsey, N.S. / Pike, R.N. / Coughlin, P.B. / Whisstock, J.C.

履歴

登録	2005年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / struct_biol Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation.country ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb1yxa.ent.gz	128.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/1yxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/1yxa	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1qlpS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5nbv-d 6we3-d 6oxn-d 2yep-1 6sxs-d 4n18-d 2d43-d 5v00-d 4c1q-d 4qm7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (10)

登録構造単位

A: serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade A, member 3N

B: serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade A, member 3N

89.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade A, member 3N

登録者が定義した集合体
44.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade A, member 3N

登録者が定義した集合体
44.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.340, 92.620, 118.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
5	1	A
6	1	B
7	1	A
8	1	B
9	1	A
10	1	B
11	1	A
12	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	THR	THR	A	A	52 - 106	32 - 86
2	1	THR	THR	THR	THR	B	B	52 - 106	32 - 86
3	2	ILE	ILE	LYS	LYS	A	A	133 - 156	113 - 136
4	2	ILE	ILE	LYS	LYS	B	B	133 - 156	113 - 136
5	3	LEU	LEU	GLU	GLU	A	A	158 - 192	138 - 172
6	3	LEU	LEU	GLU	GLU	B	B	158 - 192	138 - 172
7	4	ASP	ASP	CYS	CYS	A	A	198 - 231	178 - 211
8	4	ASP	ASP	CYS	CYS	B	B	198 - 231	178 - 211
9	5	PRO	PRO	ALA	ALA	A	A	236 - 371	216 - 351
10	5	PRO	PRO	ALA	ALA	B	B	236 - 371	216 - 351
11	6	LEU	LEU	LYS	LYS	A	A	388 - 418	368 - 398
12	6	LEU	LEU	LYS	LYS	B	B	388 - 418	368 - 398

詳細

Each chain represents a separate biological unit.

#1: タンパク質	serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade A, member 3N / antichymotrypsin / Serpina3n 分子量: 44793.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET-3a(His) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q91WP6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 0.1M Na tartarate, 0.1M HEPES, 24% PEG 3350, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月14日 / 詳細: Bent conical Si-mirror (Rh coating)

放射

モノクロメーター: Bent Ge(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→100 Å / Num. all: 62513 / Num. obs: 57467 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Χ²: 1.779 / Net I/σ(I): 15.59

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	2.1	0.415	4480	2.306	1	72.9
2.07-2.15	2.4	0.383	5160	2.139	1	84.1
2.15-2.25	2.7	0.343	5576	2.216	1	91
2.25-2.37	2.9	0.303	5844	2.092	1	94.8
2.37-2.52	3.2	0.251	5995	2.041	1	97.3
2.52-2.71	3.5	0.197	6111	2.002	1	98.9
2.71-2.99	3.6	0.136	6127	1.912	1	98.7
2.99-3.42	3.7	0.076	6113	1.684	1	98.2
3.42-4.31	3.6	0.043	6103	1.308	1	96.7
4.31-100	3.6	0.034	5958	0.976	1	91

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 0.621 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.21

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	30.02 Å
Translation	3.5 Å	30.02 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
MOLREP	8.2.01version5.0:04/07/04	位相決定
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.401	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QLP DIFFERENCES TO ALA

1qlp

解像度: 2.1→30.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 7.755 / SU ML: 0.152 / SU R Cruickshank DPI: 0.205 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.239	2086	4.1 %	RANDOM
R_work	0.193	-	-	-
all	0.195	54092	-	-
obs	0.195	51453	95.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.229 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.05 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.77 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.179 Å	0.205 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5723	0	0	396	6119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	5852
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.224	1.979	7947
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.868	5	740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.273	25.084	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.725	15	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.302	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	940
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4330
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	2553
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	4057
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	390
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.165	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.588	3	3810
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.656	5	5998
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.154	7	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.995	9	1949

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1264	MEDIUM POSITIONAL	0.189	0.5
1205	LOOSE POSITIONAL	0.463	5
1264	MEDIUM THERMAL	1.11	3
1205	LOOSE THERMAL	2.35	10

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	131	-
R_work	0.295	3241	-
obs	-	3351	85.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4613	1.4073	-3.3809	17.911	3.8935	6.6286	-0.1621	-0.2294	0.1324	-0.0098	-0.0685	-0.1793	0.1476	1.0551	0.2305	-0.0709	0.001	-0.0362	0.0429	0.039	-0.04	67.464	39.8605	45.6499
2	24.55	2.572	-22.1082	0.6006	-0.1343	34.2852	0.9436	0.4152	1.7826	-0.6508	0.8801	-0.6607	1.1954	-1.7039	-1.8237	0.0838	-0.0693	0.1551	-0.3969	0.3778	0.5012	55.7716	27.6707	36.8581
3	9.6022	14.2672	-12.2216	21.5245	-17.5007	16.8858	-0.4312	0.6992	0.224	-0.2819	1.0853	0.9369	-0.4266	-2.4567	-0.6541	-0.0619	0.1711	0.0406	0.2559	0.1418	0.0662	43.7393	48.7611	31.8413
4	3.2974	5.2481	1.3334	15.0697	3.4247	2.4798	-0.0439	0.1195	-0.0613	-0.1211	0.2525	-0.2793	0.1943	0.5653	-0.2086	-0.0419	0.0494	-0.0086	0.0555	-0.0002	-0.1134	23.4504	36.1573	42.8251
5	7.9647	1.2789	-8.4185	3.8355	2.0246	14.2189	0.3426	-0.3669	-0.1369	0.1766	-0.2397	0.1127	0.4937	-0.1963	-0.1029	0.0147	-0.0373	-0.052	-0.0765	-0.0147	-0.0345	10.9218	27.8039	33.0758
6	17.3175	15.2779	-10.3017	17.7783	-14.948	14.1137	-0.4235	-0.203	0.1361	-0.5714	0.5061	0.214	-0.372	-0.9797	-0.0826	-0.1001	0.1206	0.027	-0.0186	0.0518	-0.1298	4.021	52.2299	28.7577
7	0.5489	0.4127	-0.8608	0.3115	-0.7046	4.2608	0.0609	0.0871	0.0989	-0.0425	0.1255	0.0224	-0.2421	-0.596	-0.1864	-0.0117	0.019	0.0173	-0.0198	0.0336	0.0282	50.9872	43.359	41.1024
8	0.4873	0.2163	-0.6229	0.1241	-0.6083	4.7077	0.0451	0.0407	-0.0362	-0.0102	-0.0084	-0.0121	-0.2524	-0.1864	-0.0368	-0.0236	0.018	0.0162	0.0039	0.026	0.0082	9.4076	45.054	38.1031
9	1.7997	-0.5231	0.1623	0.1566	0.0534	2.246	-0.0211	-0.0928	0.0791	-0.0102	0.1151	-0.0714	0.1414	-0.0129	-0.094	0.0282	-0.0026	-0.0089	-0.0884	-0.0049	-0.0069	59.6181	37.1774	57.4588
10	0.7002	-0.6468	0.2345	0.7408	-0.0708	2.2533	0.0528	0.0853	0.0068	0.0171	0.041	0.0211	0.2088	0.094	-0.0938	0.0219	-0.0219	-0.0021	-0.0545	0.0133	-0.01	15.6915	37.5082	54.8937
11	0.8685	0.6307	0.0639	2.8283	-0.5086	2.2492	-0.0497	-0.3055	0.0588	0.1367	0.0157	0.1342	-0.0429	-0.2931	0.0339	-0.021	0.0343	0.0026	-0.0053	-0.0045	-0.0317	54.3597	42.5568	69.7696
12	0.8003	1.0643	-0.1954	2.7827	-0.0081	0.7303	0.0425	-0.2395	0.1288	0.1465	-0.0415	0.053	0.0656	-0.0775	-0.0011	-0.0292	-0.0152	0.0114	-0.0546	0.0009	0.0091	10.9607	44.2982	66.7681

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	47 - 65	27 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	111 - 124	91 - 104
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	173 - 185	153 - 165
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	44 - 65	24 - 45
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	111 - 124	91 - 104
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	173 - 185	153 - 165
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	130 - 142	110 - 122
8	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	162 - 166	142 - 146
9	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	203 - 214	183 - 194
10	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	313 - 321	293 - 301
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	354 - 365	334 - 345
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	130 - 142	110 - 122
13	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	162 - 166	142 - 146
14	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	203 - 214	183 - 194
15	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	313 - 321	293 - 301
16	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	354 - 365	334 - 345
17	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	71 - 74	51 - 54
18	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	251 - 254	231 - 234
19	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	259 - 265	239 - 245
20	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	269 - 276	249 - 256
21	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	396 - 402	376 - 382
22	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	408 - 414	388 - 394
23	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	71 - 74	51 - 54
24	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	251 - 254	231 - 234
25	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	259 - 265	239 - 245
26	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	269 - 276	249 - 256
27	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	396 - 402	376 - 382
28	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	408 - 414	388 - 394
29	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	225 - 230	205 - 210
30	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	236 - 249	216 - 229
31	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	302 - 312	282 - 292
32	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	388 - 392	368 - 372
33	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	225 - 230	205 - 210
34	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	236 - 249	216 - 229
35	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	302 - 312	282 - 292
36	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	388 - 392	368 - 372

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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