PDB-1ywy: Solution Structure of Pseudomonas aeruginosa Protein PA2021. The ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ywy

タイトル

Solution Structure of Pseudomonas aeruginosa Protein PA2021. The Northeast Structural Genomics Consortium Target Pat85.

要素

hypothetical protein PA2021

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Pat85 / NESG / GFT-NMR / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium

機能・相同性

Protein of unknown function DUF3203 / Protein of unknown function DUF3203 / PA2021-like domain superfamily / Protein of unknown function (DUF3203) / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : / DUF3203 family protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

溶液NMR / distance geometry simulated annealing torsion angle dynamics

データ登録者

Lin, Y.C. / Liu, G. / Shen, Y. / Yee, A. / Arrowsmith, C.H. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of Pseudomonas aeruginosa Protein PA2021.
著者: Lin, Y.C. / Liu, G. / Shen, Y. / Yee, A. / Arrowsmith, C.H. / Szyperski, T.

履歴

登録	2005年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ywy.cif.gz	436.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ywy.ent.gz	365.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ywy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ywy_validation.pdf.gz	341.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ywy_full_validation.pdf.gz	485.1 KB	表示
XML形式データ	1ywy_validation.xml.gz	29.5 KB	表示
CIF形式データ	1ywy_validation.cif.gz	44.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/1ywy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/1ywy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2fq3-d 3hl5-2 2l11-d 5ym8-1 6ohx-d 2ve8-4 2mc6-d 2aj1-d 2x1b-d 1aww-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pat85

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein PA2021

8.23 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #20	fewest violations

#1: タンパク質	hypothetical protein PA2021 分子量: 8229.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 9948025, UniProt: Q9I293*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	GFT (4,3)D HNNCABCA
2	2	2	GFT (4,3)D CABCA(CO)NHN
3	3	3	GFT (4,3)D HABCAB(CO)NHN
4	4	4	GFT (4,3)D CABCA(CO)NHN
5	5	5	GFT (4,3)D (H)CCH
6	6	6	SIMULTANEOUS HETERONUCLEAR RESOLVED [1H,1H]-NOESY

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	750	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	2.3	Delaglio,F.	解析
XEASY	1.3.1.3	Bartels,C.	データ解析
DYANA	1.5	Guentert,P.	構造決定
DYANA	1.5	Guentert,P.	精密化

精密化

手法: distance geometry simulated annealing torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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