PDB-1ywu: Solution NMR structure of Pseudomonas Aeruginosa protein PA4608. ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ywu

タイトル

Solution NMR structure of Pseudomonas Aeruginosa protein PA4608. Northeast Structural Genomics target PaT7

要素

hypothetical protein PA4608

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PA4608 / PaT7 / beta barrel / PilZ domain / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG

機能・相同性

Cyclic di-GMP binding protein, PA4608 type / predicted glycosyltransferase like domains / PilZ domain / PilZ domain / cyclic-di-GMP binding / Thrombin, subunit H / Beta Barrel / Mainly Beta / Cyclic diguanosine monophosphate-binding protein PA4608

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

溶液NMR / AutoStructure, simulated annealing, water refinement

データ登録者

Ramelot, T.A. / Yee, A.A. / Cort, J.R. / Semesi, A. / Arrowsmith, C.H. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: NMR structure and binding studies confirm that PA4608 from Pseudomonas aeruginosa is a PilZ domain and a c-di-GMP binding protein.
著者: Ramelot, T.A. / Yee, A. / Cort, J.R. / Semesi, A. / Arrowsmith, C.H. / Kennedy, M.A.

履歴

登録	2005年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ywu.cif.gz	790.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ywu.ent.gz	659 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ywu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ywu_validation.pdf.gz	343.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ywu_full_validation.pdf.gz	489.9 KB	表示
XML形式データ	1ywu_validation.xml.gz	38.2 KB	表示
CIF形式データ	1ywu_validation.cif.gz	63.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/1ywu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/1ywu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1k6k-d 3eop-2 2mv2-d 4zvh-1 2xbt-d 4liz-d 4yhu-1 6b1g-d 5meb-2 6u6v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: PaT7

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: hypothetical protein PA4608

17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	all calculated structures submitted
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	hypothetical protein PA4608 分子量: 17307.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA4608 / プラスミド: PET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (lamda DE3) / 参照: UniProt: Q9HVI1

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY
1	3	2	4D 13C-separated NOESY
1	4	3	13C HSQC
1	5	3	HNHA
1	6	2	H/D exchange

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1 mM protein, U-15N, 13C; 10 mM Tris, 250 mM NaCl, 10 mM DTT, 1 mM benzamidine, 0.01% NaN3	95% H2O/5% D2O
2	1 mM protein, U-15N, 13C; 10 mM Tris, 250 mM NaCl, 10 mM DTT, 1 mM benzamidine, 0.01%	100% D2O
3	1 mM protein, U-15N, 10%-13C; 10 mM Tris, 250 mM NaCl, 10 mM DTT, 1 mM benzamidine, 0.01% NaN3	95% H2O/5% D2O

試料状態

イオン強度: 250 mM NaCl / pH: 7.1 / 圧: ambient / 温度: 293 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	750	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2
Varian UNITY	Varian	UNITY	600	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	nmrpipe.linux	F. Delaglio	解析
AutoStructure	2.1.0	Y.J. Huang, G.T. Montelione	データ解析
X-PLOR	xplor-nih-2.9.9	C.D. Schwieters, J.J. Kuszewski, N. Tjandra, G.M Clore	構造決定
CNS	1.1	A. Brunger	精密化
Sparky	3.1	T. goddard, UCSF	データ解析

精密化

手法: AutoStructure, simulated annealing, water refinement
ソフトェア番号: 1
詳細: The 22 N-terminal residues (MGSSHHHHHHSSGRENLYFQGH) and 2 C-terminal residues (GS) were not included in the structure calculation

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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