[日本語] English
万見
- PDB-1ywp: Phospholipase Cgamma1 SH3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ywp
タイトルPhospholipase Cgamma1 SH3
要素1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma 1
キーワードHYDROLASE / SH3 / Phospholipase C-gamma1 / SLP-76 / SH2 domain-containing leukocyte phosphoprotein of 76 kD
機能・相同性
機能・相同性情報


PECAM1 interactions / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / Activated NTRK2 signals through PLCG1 / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / phosphatidylinositol catabolic process / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / FCERI mediated Ca+2 mobilization / ISG15 antiviral mechanism ...PECAM1 interactions / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / Activated NTRK2 signals through PLCG1 / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / phosphatidylinositol catabolic process / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / FCERI mediated Ca+2 mobilization / ISG15 antiviral mechanism / Generation of second messenger molecules / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / Downstream signal transduction / Signaling by ALK / Role of phospholipids in phagocytosis / inositol trisphosphate biosynthetic process / DAP12 signaling / VEGFR2 mediated cell proliferation / calcium-dependent phospholipase C activity / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / RET signaling / inositol trisphosphate metabolic process / response to curcumin / phosphoinositide phospholipase C / FCERI mediated MAPK activation / response to gravity / phosphatidylinositol metabolic process / phosphatidylinositol phospholipase C activity / COP9 signalosome / phospholipase C activity / neurotrophin TRKA receptor binding / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / clathrin-coated vesicle / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell migration / phosphatidylinositol-mediated signaling / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / glutamate receptor binding / release of sequestered calcium ion into cytosol / cellular response to epidermal growth factor stimulus / ruffle / response to organonitrogen compound / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / cell projection / calcium-mediated signaling / phosphoprotein binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / insulin receptor binding / modulation of chemical synaptic transmission / response to hydrogen peroxide / epidermal growth factor receptor signaling pathway / receptor tyrosine kinase binding / ruffle membrane / positive regulation of angiogenesis / calcium ion transport / cell-cell junction / cell migration / lamellipodium / T cell receptor signaling pathway / in utero embryonic development / glutamatergic synapse / calcium ion binding / protein kinase binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1, SH3 domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain ...1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1, SH3 domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / SH3 Domains / PH domain / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH3 type barrels. / SH2 domain / Src homology 3 domains / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / SH2 domain superfamily / EF-hand calcium-binding domain profile. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand domain / EF-hand domain pair / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Deng, L. / Velikovsky, C.A. / Swaminathan, C.P. / Cho, S. / Mariuzza, R.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural Basis for Recognition of the T Cell Adaptor Protein SLP-76 by the SH3 Domain of Phospholipase Cgamma1
著者: Deng, L. / Velikovsky, C.A. / Swaminathan, C.P. / Cho, S. / Mariuzza, R.A.
履歴
登録2005年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4141
ポリマ－7,4141
非ポリマー00
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.967, 31.280, 29.778
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma 1 / Phosphoinositide phospholipase C / PLC-gamma-1 / Phospholipase C-gamma-1 / PLC-II / PLC-148


分子量: 7414.259 Da / 分子数: 1 / 断片: Phospholipase C-gamma1 / 変異: C5S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Plcg1 / プラスミド: pGEX-4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10686, phosphoinositide phospholipase C
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: PEG 4000, sodium acetate, Tris-HCl, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.009 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 6979 / % possible obs: 97.5 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 42.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.168 / Mean I/σ(I) obs: 10.5 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OEB

1oeb


解像度: 1.6→29.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.516 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18774 323 4.7 %RANDOM
Rwork0.1424 ---
obs0.14457 6604 97.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.417 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.11 Å20 Å20.67 Å2
2---1.01 Å20 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数512 0 0 120 632
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.022527
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6771.929710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.864561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.59924.81527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.8041593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.993152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.2355
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.276
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.281.5311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.912491
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1163254
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.524.5219
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.169 30 -
Rwork0.167 476 -
obs--95.29 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る