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万見
- PDB-1yvg: Structural analysis of the catalytic domain of tetanus neurotoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yvg
タイトルStructural analysis of the catalytic domain of tetanus neurotoxin
要素Tetanus toxin, light chain
キーワードHYDROLASE / Clostridium neurotoxins / tetanus neurotoxin / zinc metalloprotease / Dual-wavelength Anomalous dispersion (DAD)
機能・相同性
機能・相同性情報


tentoxilysin / symbiont-mediated perturbation of host neurotransmitter secretion / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / protein transmembrane transporter activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / metalloendopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / toxin activity / proteolysis / zinc ion binding ...tentoxilysin / symbiont-mediated perturbation of host neurotransmitter secretion / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / protein transmembrane transporter activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / metalloendopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / toxin activity / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding ...Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium tetani (破傷風菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Rao, K.N. / Kumaran, D. / Binz, T. / Swaminathan, S.
引用ジャーナル: Toxicon / 年: 2005
タイトル: Structural analysis of the catalytic domain of tetanus neurotoxin.
著者: Rao, K.N. / Kumaran, D. / Binz, T. / Swaminathan, S.
履歴
登録2005年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetanus toxin, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7652
ポリマ－53,7001
非ポリマー651
水2,036113
1
A: Tetanus toxin, light chain
ヘテロ分子

A: Tetanus toxin, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,5304
ポリマ－107,3992
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z1
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.610, 177.280, 54.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-572-

HOH

詳細Dimer, The second part of the biological assembly is generated by the crystallographic two fold axis

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要素

#1: タンパク質 Tetanus toxin, light chain / E.C.3.4.24.68 / Tentoxylysin / light chain


分子量: 53699.531 Da / 分子数: 1 / 断片: chain L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clostridium tetani (破傷風菌) / 遺伝子: tetX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04958, tentoxilysin
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: PEG 4000, magnesium chloride, hepes buffer, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X12C11.2810, 1.2824
シンクロトロンNSLS X2521.1
検出器
タイプID検出器日付詳細
BRANDEIS - B41CCD2004年5月1日Mirrors
ADSC QUANTUM 3152CCD2004年9月17日Mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si (111)MADMx-ray1
2Si (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.2811
21.28241
31.11
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 20639 / Num. obs: 20639 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 9.3 % / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique all: 2001 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE& SHARP位相決定
CNS1精密化
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 分子置換
開始モデル: 1F82

1f82


解像度: 2.6→50 Å / Data cutoff high absF: 1000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2763 1033 6.8 %Random
Rwork0.2182 ---
all-15170 --
obs-15170 92.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.339 Å20 Å20 Å2
2--20.489 Å20 Å2
3----33.828 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3222 0 1 113 3336
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008306
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.36447
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1141.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.9182
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.4882
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.3382.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.64 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.4239 49
Rwork0.3592 -
obs-558

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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