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- PDB-1yvf: Hepatitis C virus NS5B RNA-dependent RNA polymerase complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yvf
タイトルHepatitis C virus NS5B RNA-dependent RNA polymerase complex with inhibitor PHA-00729145
要素HCV NS5B POLYMERASE
キーワードTRANSFERASE / NS5B / polymerase / HCV / fingers / palm / thumb
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / protein complex oligomerization ...host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal ...: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PH7 / PHOSPHATE ION / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Pfefferkorn, J.A. / Greene, M.L. / Nugent, R.A. / Gross, R.J. / Mitchell, M.A. / Finzel, B.C. / Harris, M.S. / Wells, P.A. / Shelly, J.A. / Anstadt, R.A. ...Pfefferkorn, J.A. / Greene, M.L. / Nugent, R.A. / Gross, R.J. / Mitchell, M.A. / Finzel, B.C. / Harris, M.S. / Wells, P.A. / Shelly, J.A. / Anstadt, R.A. / Kilkuskie, R.E. / Kopta, L.A. / Schwende, F.J.
引用
ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2005
タイトル: Inhibitors of HCV NS5B polymerase. Part 1: Evaluation of the southern region of (2Z)-2-(benzoylamino)-3-(5-phenyl-2-furyl)acrylic acid.
著者: Pfefferkorn, J.A. / Greene, M.L. / Nugent, R.A. / Gross, R.J. / Mitchell, M.A. / Finzel, B.C. / Harris, M.S. / Wells, P.A. / Shelly, J.A. / Anstadt, R.A. / Kilkuskie, R.E. / Kopta, L.A. / Schwende, F.J.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Inhibitors of HCV NS5B polymerase: Part 2: Evaluation of the northern region of (2Z)-2-(benzoylamino)-3-(5-phenyl-2-furyl)acrylic acid
著者: Pfefferkorn, J.A. / Nugent, R.A. / Gross, R.J. / Greene, M.L. / Mitchell, M.A. / Reding, M.T. / Funk, L.A. / Anderson, R. / Wells, P.A. / Shelly, J.A.
履歴
登録2005年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE A database reference sequence could not be found for this structure at the time of processing

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HCV NS5B POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3198
ポリマ－64,3821
非ポリマー9377
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: HCV NS5B POLYMERASE
ヘテロ分子

A: HCV NS5B POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,63816
ポリマ－128,7642
非ポリマー1,87414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area6220 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area45130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.879, 90.879, 188.516
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-701-

CL

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 HCV NS5B POLYMERASE


分子量: 64382.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 属: Hepacivirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O93077, RNA-directed RNA polymerase

-
非ポリマー , 5種, 235分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PH7 / (2Z)-2-(BENZOYLAMINO)-3-[4-(2-BROMOPHENOXY)PHENYL]-2-PROPENOIC ACID / (Z)-2-(ベンゾイルアミノ)-3-[4-(2-ブロモフェノキシ)フェニル]プロペン酸


分子量: 438.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H16BrNO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.76 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 31629 / % possible obs: 98.3 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 2.22
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.590.38331600.838199.2
2.59-2.690.28631131.071199.7
2.69-2.820.21431571.426199.6
2.82-2.960.16931601.777199.5
2.96-3.150.13731732.882199.6
3.15-3.390.11531663.856199.4
3.39-3.730.0831883.222199.3
3.73-4.270.0631672.267198.1
4.27-5.380.05131652.25196.8
5.38-500.04231802.707192.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.501データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→30 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.303 1521 4.8 %CCP4 uniqueify 5%
Rwork0.24 ---
all0.24 30205 --
obs0.24 30205 94.5 %-
溶媒の処理Bsol: 50.7021 Å2 / ksol: 0.345769 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.302 Å2-7.18 Å20 Å2
2---8.302 Å20 Å2
3---16.605 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4390 0 58 228 4676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3421.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2022
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0592
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9592.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2pha729145_2.prmpha729145_2.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5glycerol.prmglycerol.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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