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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yv7 | |||||||||
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タイトル | X-ray structure of (C87S,des103-104) onconase | |||||||||
![]() | P-30 protein | |||||||||
![]() | HYDROLASE / small conformational changes / onconase thermal stability / ribonucleases / antitumor action / dynamics | |||||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / endonuclease activity / nucleic acid binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rana pipiens (カエル) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Merlino, A. / Mazzarella, L. / Carannante, A. / Di Fiore, A. / Di Donato, A. / Notomista, E. / Sica, F. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The Importance of Dynamic Effects on the Enzyme Activity: X-RAY STRUCTURE AND MOLECULAR DYNAMICS OF ONCONASE MUTANTS 著者: Merlino, A. / Mazzarella, L. / Carannante, A. / Di Fiore, A. / Di Donato, A. / Notomista, E. / Sica, F. #1: ![]() タイトル: Reversible substrate-induced domain motions in ribonuclease A 著者: Vitagliano, L. / Merlino, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #2: ![]() タイトル: Productive and nonproductive binding to ribonuclease A: X-ray structure of two complexes with uridylyl(2',5')guanosine 著者: Vitagliano, L. / Merlino, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #3: ![]() タイトル: Binding of a substrate analog to a domain swapping protein: X-ray structure of the complex of bovine seminal ribonuclease with uridylyl(2',5')adenosine 著者: Vitagliano, L. / Adinolfi, S. / Riccio, A. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #4: ![]() タイトル: Atomic resolution structures of ribonuclease A at six pH values 著者: Berisio, R. / Sica, F. / Lamzin, V.S. / Wilson, K.S. / Zagari, A. / Mazzarella, L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11639.362 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-102 / 変異: C87S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rana pipiens (カエル) / プラスミド: pET22b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P22069, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.67 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: PEG 8000, lithium sulphate, sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2003年3月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 7322 / Num. obs: 7322 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.066 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.177 / % possible all: 92.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1ONC 解像度: 1.9→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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