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万見
- PDB-1yv1: Fully reduced state of nigerythrin (all ferrous) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yv1
タイトルFully reduced state of nigerythrin (all ferrous)
要素Nigerythrin
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rubrerythrin / Rubredoxin / Hemerythrin / Electron Transfer / Peroxidase / Diiron center
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Rubrerythrin, rubredoxin-like domain / : / Rubrerythrin, diiron-binding domain / Rubrerythrin / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Ferritin, core subunit, four-helix bundle ...: / Rubrerythrin, rubredoxin-like domain / : / Rubrerythrin, diiron-binding domain / Rubrerythrin / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin-like / Single Sheet / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Iyer, R.B. / Silaghi-Dumitrescu, R. / Kurtz, D.M. / Lanzilotta, W.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2005
タイトル: High-resolution crystal structures of Desulfovibrio vulgaris (Hildenborough) nigerythrin: facile, redox-dependent iron movement, domain interface variability, and peroxidase activity in the rubrerythrins.
著者: Iyer, R.B. / Silaghi-Dumitrescu, R. / Kurtz, D.M. / Lanzilotta, W.N.
履歴
登録2005年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE Mutation was introduced during cloning process.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nigerythrin
B: Nigerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6178
ポリマ－44,2822
非ポリマー3356
水11,115617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area16310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.773, 72.907, 118.905
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The asymetric unit is most likely the biological Assembly (dimer)

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要素

#1: タンパク質 Nigerythrin


分子量: 22140.924 Da / 分子数: 2 / 変異: A25S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris (バクテリア)
生物種: Desulfovibrio vulgaris / 株: Hildenborough / 遺伝子: ngr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30820
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7.3
詳細: 0.2 M CaCl2 20% PEG 3350, pH 7.3, LIQUID DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 118 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.98 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→23.72 Å / Num. all: 65921 / Num. obs: 64794 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→23.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1484775.64 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 3292 5.1 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all0.191 65921 --
obs0.191 64794 98.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.3795 Å2 / ksol: 0.38124 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 13.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.17 Å20 Å20 Å2
2---1.04 Å20 Å2
3----2.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.16 Å
Luzzati d res low-4 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→23.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3096 0 6 617 3719
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.422
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0.442.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 528 5.2 %
Rwork0.211 9588 -
obs--93.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2FMN_FEO.PARAMFMN_FEO.TOP
X-RAY DIFFRACTION3EGL.PAREGL.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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