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万見
- PDB-1yv0: Crystal structure of skeletal muscle troponin in the Ca2+-free state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yv0
タイトルCrystal structure of skeletal muscle troponin in the Ca2+-free state
要素
  • Troponin C, skeletal muscle
  • Troponin I, fast skeletal muscle
  • Troponin T, fast skeletal muscle isoforms
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / troponin / off state / thin filament / actin binding / muscle
機能・相同性
機能・相同性情報


troponin C binding / Striated Muscle Contraction / troponin complex / regulation of muscle contraction / tropomyosin binding / troponin I binding / skeletal muscle contraction / cardiac muscle contraction / actin binding / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Troponin T / : / Troponin / Troponin domain superfamily / Troponin / EF hand domain / EF-hand domain pair / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif ...Troponin T / : / Troponin / Troponin domain superfamily / Troponin / EF hand domain / EF-hand domain pair / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Troponin C, skeletal muscle / Troponin T, fast skeletal muscle isoforms / Troponin I, fast skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 7 Å
データ登録者Vinogradova, M.V. / Stone, D.B. / Malanina, G.G. / Karatzaferi, C. / Cooke, R. / Mendelson, R.A. / Fletterick, R.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Ca2+-regulated structural changes in troponin
著者: Vinogradova, M.V. / Stone, D.B. / Malanina, G.G. / Karatzaferi, C. / Cooke, R. / Mendelson, R.A. / Fletterick, R.J.
履歴
登録2005年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: Troponin T, fast skeletal muscle isoforms
I: Troponin I, fast skeletal muscle
C: Troponin C, skeletal muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8585
ポリマ－46,8093
非ポリマー492
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6910 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area24960 Å2
手法PISA
2
T: Troponin T, fast skeletal muscle isoforms
I: Troponin I, fast skeletal muscle
C: Troponin C, skeletal muscle
ヘテロ分子

T: Troponin T, fast skeletal muscle isoforms
I: Troponin I, fast skeletal muscle
C: Troponin C, skeletal muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,71610
ポリマ－93,6186
非ポリマー974
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
Buried area17090 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area46630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.662, 134.662, 102.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Troponin T, fast skeletal muscle isoforms / Troponin T2


分子量: 12694.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12620
#2: タンパク質 Troponin I, fast skeletal muscle / Troponin I / fast-twitch isoform


分子量: 15853.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68246
#3: タンパク質 Troponin C, skeletal muscle


分子量: 18261.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TNNC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02588
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.871 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M tri-Sodium Citrate dihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 7→25 Å / Num. all: 1622 / Num. obs: 1541 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 7→7.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.067 / % possible all: 84.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 7→25 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.359 78 random
Rwork0.3579 --
all0.3579 1616 -
obs0.3579 1529 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2842 0 2 0 2844
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONrmsd bonds0.012423
X-RAY DIFFRACTIONrmsd angles1.86454
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
7-7.310.525790.6071X-RAY DIFFRACTION160
7.31-7.690.483190.6242X-RAY DIFFRACTION164
7.69-8.150.4931100.4524X-RAY DIFFRACTION166
8.15-8.760.427290.5506X-RAY DIFFRACTION185
8.76-9.590.333290.4355X-RAY DIFFRACTION190
9.59-10.880.2576110.2602X-RAY DIFFRACTION183
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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