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- PDB-1yud: X-ray Crystal Structure of Protein SO0799 from Shewanella oneiden... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yud
タイトルX-ray Crystal Structure of Protein SO0799 from Shewanella oneidensis. Northeast Structural Genomics Consortium Target SoR12.
要素hypothetical protein SO0799
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / SoR12 / Q8E1N8 / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


Cupin domain of unknown function DUF985 / Uncharacterized protein YML079W-like / Cupin superfamily (DUF985) / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF985 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Vorobiev, S. / Chen, Y. / Forouhar, F. / Acton, T. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein SO0799 from Shewanella oneidensis
著者: Kuzin, A.P. / Vorobiev, S. / Chen, Y. / Forouhar, F. / Acton, T. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2005年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein SO0799
B: hypothetical protein SO0799
C: hypothetical protein SO0799
D: hypothetical protein SO0799
E: hypothetical protein SO0799
F: hypothetical protein SO0799
G: hypothetical protein SO0799
H: hypothetical protein SO0799
I: hypothetical protein SO0799
J: hypothetical protein SO0799


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,51110
ポリマ－197,51110
非ポリマー00
水2,018112
1
A: hypothetical protein SO0799
H: hypothetical protein SO0799


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5022
ポリマ－39,5022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14220 Å2
手法PISA
2
B: hypothetical protein SO0799
C: hypothetical protein SO0799


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5022
ポリマ－39,5022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area14370 Å2
手法PISA
3
D: hypothetical protein SO0799
J: hypothetical protein SO0799


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5022
ポリマ－39,5022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area14250 Å2
手法PISA
4
E: hypothetical protein SO0799
F: hypothetical protein SO0799


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5022
ポリマ－39,5022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area14680 Å2
手法PISA
5
G: hypothetical protein SO0799
I: hypothetical protein SO0799


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5022
ポリマ－39,5022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area14560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.441, 94.100, 117.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
hypothetical protein SO0799


分子量: 19751.096 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): E.coli BL21(DE3).Magic / 参照: UniProt: Q8EIN8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Hepes, 22% PEG3350, 200 mM ammonium sulphate, 5 mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97624, 0.97895, 0.97020
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月21日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.976241
20.978951
30.97021
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 105384 / Num. obs: 105384 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 56.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.775 / Mean I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→29.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 240076.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 4268 4.9 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.237 87778 81.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 24.7161 Å2 / ksol: 0.270733 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 66.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.06 Å20 Å2-2.87 Å2
2--22.81 Å20 Å2
3----4.75 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12650 0 0 112 12762
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 439 5.2 %
Rwork0.378 8074 -
obs--47.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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