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万見
- PDB-1yuc: Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yuc
タイトルHuman Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound to Phospholipid and a Fragment of Human SHP
要素
  • Nuclear receptor 0B2
  • Orphan nuclear receptor NR5A2
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION / Liver Receptor Homologue 1 / Nuclear Receptor Ligand Binding Domain / LRH-1 / Phospholipid / SHP / Small Heterodimer Partner
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glucocorticoid biosynthetic process / zygotic genome activation / positive regulation of tendon cell differentiation / morula formation / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / primary ovarian follicle growth / pancreas morphogenesis / inner cell mass cell differentiation / tissue development / acinar cell differentiation ...positive regulation of glucocorticoid biosynthetic process / zygotic genome activation / positive regulation of tendon cell differentiation / morula formation / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / primary ovarian follicle growth / pancreas morphogenesis / inner cell mass cell differentiation / tissue development / acinar cell differentiation / Sertoli cell development / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of stem cell differentiation / embryonic cleavage / bile acid metabolic process / embryo development ending in birth or egg hatching / exocrine pancreas development / peroxisome proliferator activated receptor binding / cartilage development / negative regulation of chondrocyte differentiation / nuclear thyroid hormone receptor binding / bile acid and bile salt transport / homeostatic process / calcineurin-mediated signaling / somatic stem cell population maintenance / animal organ regeneration / nuclear retinoid X receptor binding / response to glucose / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cholesterol metabolic process / transcription regulator inhibitor activity / hormone-mediated signaling pathway / neurogenesis / Notch signaling pathway / positive regulation of T cell proliferation / cholesterol homeostasis / cellular response to leukemia inhibitory factor / transcription coregulator binding / SUMOylation of intracellular receptors / circadian regulation of gene expression / circadian rhythm / phospholipid binding / positive regulation of insulin secretion / positive regulation of T cell activation / Nuclear Receptor transcription pathway / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / transcription corepressor activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / response to ethanol / spermatogenesis / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / Nuclear hormone receptor family 5 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / Nuclear hormone receptor family 5 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EPH / Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ortlund, E.A. / Yoonkwang, L. / Solomon, I.H. / Hager, J.M. / Safi, R. / Choi, Y. / Guan, Z. / Tripathy, A. / Raetz, C.R.H. / McDonnell, D.P. ...Ortlund, E.A. / Yoonkwang, L. / Solomon, I.H. / Hager, J.M. / Safi, R. / Choi, Y. / Guan, Z. / Tripathy, A. / Raetz, C.R.H. / McDonnell, D.P. / Moore, D.D. / Redinbo, M.R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Modulation of human nuclear receptor LRH-1 activity by phospholipids and SHP
著者: Ortlund, E.A. / Lee, Y. / Solomon, I.H. / Hager, J.M. / Safi, R. / Choi, Y. / Guan, Z. / Tripathy, A. / Raetz, C.R.H. / McDonnell, D.P. / Moore, D.D. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2005年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Advisory / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orphan nuclear receptor NR5A2
B: Orphan nuclear receptor NR5A2
C: Nuclear receptor 0B2
D: Nuclear receptor 0B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5159
ポリマ－61,8194
非ポリマー1,6965
水4,414245
1
A: Orphan nuclear receptor NR5A2
C: Nuclear receptor 0B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7124
ポリマ－30,9102
非ポリマー8022
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12620 Å2
手法PISA
2
B: Orphan nuclear receptor NR5A2
D: Nuclear receptor 0B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8045
ポリマ－30,9102
非ポリマー8943
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area12540 Å2
手法PISA
3
B: Orphan nuclear receptor NR5A2
D: Nuclear receptor 0B2
ヘテロ分子

A: Orphan nuclear receptor NR5A2
C: Nuclear receptor 0B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5159
ポリマ－61,8194
非ポリマー1,6965
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_445x-1,y-1,z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area23520 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7870 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area23030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.670, 59.640, 73.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.69, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Orphan nuclear receptor NR5A2 / Alpha-1-fetoprotein transcription factor / Hepatocytic transcription factor / B1-binding factor / ...Alpha-1-fetoprotein transcription factor / Hepatocytic transcription factor / B1-binding factor / hB1F / CYP7A promoter binding factor / Liver Receptor Homologue 1


分子量: 29459.893 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR5A2 / プラスミド: PMALCH10T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00482
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor 0B2 / Orphan nuclear receptor SHP / small heterodimer partner


分子量: 1449.673 Da / 分子数: 2 / 断片: NR Box1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: sequence occurs natuarlly in Homo sapiens / 参照: UniProt: Q15466
#3: 化合物 ChemComp-EPH / L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 709.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H68NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月15日
放射モノクロメーター: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 42718 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 16.5 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.15 / Rsym value: 0.309 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→31.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 236131.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 2082 5 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all0.2171 ---
obs0.2171 41458 97 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.6294 Å2 / ksol: 0.348664 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.92 Å20 Å23.81 Å2
2---1.14 Å20 Å2
3---5.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→31.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4086 0 112 245 4443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 332 5.1 %
Rwork0.233 6166 -
obs--92.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMPTY.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4GOL.PARION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5PTY.PARGOL.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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