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- PDB-1yua: C-TERMINAL DOMAIN OF ESCHERICHIA COLI TOPOISOMERASE I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yua
タイトルC-TERMINAL DOMAIN OF ESCHERICHIA COLI TOPOISOMERASE I
要素TOPOISOMERASE I
キーワードDNA BINDING PROTEIN / GENE-REGULATING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase activity / DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / chromosome / DNA binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterial Topoisomerase I; domain 1 / Bacterial Topoisomerase I, domain 1 / DNA topoisomerase I, zinc ribbon-like, bacterial-type / : / Topoisomerase I zinc-ribbon-like / Topoisomerase I, zinc finger / DNA topoisomerase, type IA, zn finger / Topoisomerase DNA binding C4 zinc finger / DNA topoisomerase I, bacterial-type / DNA topoisomerase I, type IA ...Bacterial Topoisomerase I; domain 1 / Bacterial Topoisomerase I, domain 1 / DNA topoisomerase I, zinc ribbon-like, bacterial-type / : / Topoisomerase I zinc-ribbon-like / Topoisomerase I, zinc finger / DNA topoisomerase, type IA, zn finger / Topoisomerase DNA binding C4 zinc finger / DNA topoisomerase I, bacterial-type / DNA topoisomerase I, type IA / DNA topoisomerase 1, TOPRIM domain / DNA topoisomerase, type IA / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 2 / DNA topoisomerase, type IA, active site / Topoisomerase (Topo) IA-type active site signature. / Topoisomerase (Topo) IA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IA, domain 2 / DNA topoisomerase, type IA, DNA-binding domain / DNA topoisomerase, type IA, central / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 1 / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 3 / DNA topoisomerase, type IA, core domain / DNA topoisomerase / Bacterial DNA topoisomeraes I ATP-binding domain / Bacterial DNA topoisomerase I DNA-binding domain / TOPRIM / N-terminal domain of TfIIb - #10 / Toprim domain / N-terminal domain of TfIIb / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Single Sheet / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA topoisomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR
データ登録者Yu, L. / Zhu, C.-X. / Tse-Dinh, Y.-C. / Fesik, S.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Solution structure of the C-terminal single-stranded DNA-binding domain of Escherichia coli topoisomerase I.
著者: Yu, L. / Zhu, C.X. / Tse-Dinh, Y.C. / Fesik, S.W.
履歴
登録1995年3月2日処理サイト: BNL
改定 1.01996年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TOPOISOMERASE I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8611
ポリマ－13,8611
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 1 / 2: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 2 / 3: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 3 / 4: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 4 / 5: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 5 / 6: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 6 / 7: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 7 / 8: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 8 / 9: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 9 / 10: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 10 / 11: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 11 / 12: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 12 / 13: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 13 / 14: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 14 / 15: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 15 / 16: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 16 / 17: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 17 / 18: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 18 / 19: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 19 / 20: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 20 / 21: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 21 / 22: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 22 / 23: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 23 / 24: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 24 / 25: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 25 / 26: CIS PROLINE - PRO 44 MODEL 26
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)26 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 TOPOISOMERASE I


分子量: 13860.677 Da / 分子数: 1 / 断片: 122 C-TERMINAL RESIDUES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: DH5AI / プラスミド: PJW312
遺伝子 (発現宿主): C-TERMINAL FRAGMENT OF ESCHERICHIA COLI TOPOISOMERASE I
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06612, DNA topoisomerase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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