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- PDB-1ytq: Structure of Native Human Beta B2 Crystallin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ytq
タイトルStructure of Native Human Beta B2 Crystallin
要素Beta crystallin B2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Crystallin / Domain Swapping / greek key
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception / structural molecule activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Crystallins / : / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Beta/Gamma crystallin / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-crystallin B2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Slingsby, C. / Smith, M.A. / Bateman, O.A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Mutation of interfaces in domain-swapped human betaB2-crystallin
著者: Smith, M.A. / Bateman, O.A. / Jaenicke, R. / Slingsby, C.
履歴
登録2005年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32013年6月26日Group: Derived calculations
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta crystallin B2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2811
ポリマ－23,2811
非ポリマー00
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Beta crystallin B2

A: Beta crystallin B2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5612
ポリマ－46,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area3880 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area17120 Å2
手法PISA
3
A: Beta crystallin B2

A: Beta crystallin B2

A: Beta crystallin B2

A: Beta crystallin B2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,1234
ポリマ－93,1234
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.892, 82.324, 108.104
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-207-

HOH

21A-307-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta crystallin B2 / BP / Beta B2 Crystallin


分子量: 23280.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYBB2 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P43320
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.5 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: MPD, cacodylate, DTT, magnesium chloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→34.4 Å / Num. all: 36271 / Num. obs: 35758 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.7→34.4 Å / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→34.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.311 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19849 1814 5 %RANDOM
Rwork0.17971 ---
obs0.18067 34402 95.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.388 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1469 0 0 206 1675
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221535
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4341.9352078
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77633076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7325180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.59424.64384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.35815264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.469159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021715
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02313
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.21375
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.2725
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.2839
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2150.2172
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1510.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3150.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1930.233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3251.51176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1981.5369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.46421467
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4163758
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3794.5611
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 103 -
Rwork0.208 1930 -
obs--73.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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