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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yt3 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Escherichia coli RNase D, an exoribonuclease involved in structured RNA processing | ||||||
![]() | Ribonuclease D | ||||||
![]() | HYDROLASE / TRANSLATION / RNase / exoribonuclease / ribonuclease / exonuclease / nuclease / tRNA processing | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribonuclease D / ribonuclease D activity / tRNA 3'-end processing / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / nucleotide binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zuo, Y. / Wang, Y. / Malhotra, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Escherichia coli RNase D, an Exoribonuclease Involved in Structured RNA Processing 著者: Zuo, Y. / Wang, Y. / Malhotra, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 101.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42779.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.2 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Ammonium Sulfate, Zinc Sulfate, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月7日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97904 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→26.95 Å / Num. all: 57290 / Num. obs: 55994 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 18.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 32.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 86.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: A 1.9 A structure of RNase D obtained by MIR phasing using 5 Hg sites and one Zn site. 解像度: 1.6→26.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 550639.45 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.2295 Å2 / ksol: 0.370601 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→26.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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