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万見
- PDB-1ypt: CRYSTAL STRUCTURE OF YERSINIA PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE AT 2.5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ypt
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF YERSINIA PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE AT 2.5 ANGSTROMS AND THE COMPLEX WITH TUNGSTATE
要素PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE YERSINIA (CATALYTIC DOMAIN)
キーワードHYDROLASE / PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE
機能・相同性
機能・相同性情報


dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal / Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal domain superfamily / YopH, N-terminal / Type III secreted modular tyrosine phosphatase, SptP/YopH / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain ...Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal / Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal domain superfamily / YopH, N-terminal / Type III secreted modular tyrosine phosphatase, SptP/YopH / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein phosphatase YopH
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Stuckey, J.A. / Schubert, H.L. / Fauman, E.B. / Zhang, Z.-Y. / Dixon, J.E. / Saper, M.A.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of Yersinia protein tyrosine phosphatase at 2.5 A and the complex with tungstate.
著者: Stuckey, J.A. / Schubert, H.L. / Fauman, E.B. / Zhang, Z.Y. / Dixon, J.E. / Saper, M.A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: Expression, Purification, and Physicochemical Characterization of a Recombinant Yersinia Protein Tyrosine Phosphatase
著者: Zhang, Z.-Y. / Clemens, J.C. / Schubert, H.L. / Stuckey, J.A. / Fischer, M.W.F. / Hume, D.M. / Saper, M.A. / Dixon, J.E.
履歴
登録1994年9月16日処理サイト: BNL
改定 1.01994年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE YERSINIA (CATALYTIC DOMAIN)
B: PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE YERSINIA (CATALYTIC DOMAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8452
ポリマ－66,8452
非ポリマー00
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.530, 71.530, 107.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9922, 0.091653, 0.08449), (0.088672, -0.995321, 0.038391), (0.087614, -0.0306, -0.995684)
ベクター: -5.652, 39.558, 93.757)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX CHAIN RESIDUES CHAIN RESIDUES RMSD M1 A 191 - A 468 B 191 - B 468 .223 A 178.02 DEGREE ROTATION ABOUT THE X AXIS OF THE CRYSTAL THAT RELATES MOLECULE A TO MOLECULE B. THE RMSD (EXCLUDING 4 FLEXIBLE LOOPS) BETWEEN MOLECULE A AND MOLECULE B IS 0.196. THE RMSD USING ALL ATOMS IS 0.523.

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE YERSINIA (CATALYTIC DOMAIN)


分子量: 33422.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
遺伝子: YOP51 / プラスミド: PT7-7 GENE: YOP51 / 遺伝子 (発現宿主): YOP51 / 参照: UniProt: P15273, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.19 %
結晶化詳細: THE CATALYTIC DOMAIN (RESIDUES 163 - 468) OF YOP51 WAS CRYSTALLIZED AT 22 DEGREES CELSIUS, IN A SOLUTION OF 10 - 16% POLYETHYLENE GLYCOL, 5% 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, 0.1% B-MERCAPTOETHANOL, ...詳細: THE CATALYTIC DOMAIN (RESIDUES 163 - 468) OF YOP51 WAS CRYSTALLIZED AT 22 DEGREES CELSIUS, IN A SOLUTION OF 10 - 16% POLYETHYLENE GLYCOL, 5% 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, 0.1% B-MERCAPTOETHANOL, AND 1MM IMIDAZOLE, PH 7.2. SOURCE ONLY THE CATALYTIC DOMAIN (RESIDUES 163 - 468) WAS EXPRESSED FOR THIS PARTICULAR EXPERIMENT. THE 235 CYS TO ARG MUTATION WAS UNINTENTIONAL AND MOST LIKELY THE RESULT OF USING PCR TO CONSTRUCT THE PLASMID (SEE REFERENCE REMARK 1).
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 49 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112 mg/mlprotein1drop
20.1 %beta-mercaptoethanol1drop
31 mMimidazole1drop
410-15 %PEG15001drop
530 %PEG15001reservoir
6MPD1dropsmall amount

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データ収集

反射Num. obs: 19476 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.059

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→7 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 --
Rwork0.168 --
obs0.168 17095 84 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4290 0 0 65 4355
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.93
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.81
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.25
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.168 / Rfactor Rfree: 0.222
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d2.93
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg1.25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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