PDB-1yoy: Predicted coding region AF1432 from Archaeoglobus Fulgidus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yoy

タイトル

Predicted coding region AF1432 from Archaeoglobus Fulgidus

要素

hypothetical protein AF1432

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / AF1432 / APC5594 / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Lunin, V.V. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of predicted coding region AF1432 from Archaeoglobus Fulgidus
著者: Lunin, V.V. / Evdokimova, E. / Kudritskaya, M. / Joachimiak, A. / Edwards, A. / Savchenko, A.

履歴

登録	2005年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1yoy.cif.gz	43.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1yoy.ent.gz	30.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1yoy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/1yoy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/1yoy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4pn2-1 3mvh-d 5y1g-d 6w07-d 5y1e-d 4an3-d 6jdb-d 5luh-1 5gto-d 5g4a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC5600

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: hypothetical protein AF1432

20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: hypothetical protein AF1432

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: hypothetical protein AF1432

x 6

ソフトウェアが定義した集合体
120 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	x-y,-y,-z	1
crystal symmetry operation	6_555	-x,-x+y,-z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.799, 131.799, 58.178
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

詳細

The second part of the biological assembly is generated by symmetry operator (y, x, -z)

#1: タンパク質	hypothetical protein AF1432 分子量: 20015.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / プラスミド: MODIFIED PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: O28840
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 2.5M (NH4)2SO4, 0.1M t-Na citrate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97945 / 波長: 0.97945 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 13228 / Num. obs: 13058 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 65.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SnB		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→19.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 3.496 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23589	669	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18362	-	-	-
all	0.18611	13228	-	-
obs	0.18611	12370	98.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.091 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	-0.01 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1172	0	0	79	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.63	1.948	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.483	5	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.223	24.107	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.158	15	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.554	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	892
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	515
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	829
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.183	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.16	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.185	1.5	747
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.033	2	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.281	3	524
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.059	4.5	451
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	54	-
R_work	0.241	793	-
obs	-	-	100 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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