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- PDB-1yny: Molecular Structure of D-Hydantoinase from a Bacillus sp. AR9: Ev... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yny
タイトルMolecular Structure of D-Hydantoinase from a Bacillus sp. AR9: Evidence for mercury inhibition
要素D-Hydantoinase
キーワードHYDROLASE / TIM-barrel / hydantoinase / binuclear metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydropyrimidinase / dihydropyrimidinase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hydantoinase/dihydropyrimidinase / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll ...Hydantoinase/dihydropyrimidinase / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / D-hydantoinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Radha Kishan, K.V. / Vohra, R.M. / Ganeshan, K. / Agrawal, V. / Sharma, V.M. / Sharma, R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Molecular structure of D-hydantoinase from Bacillus sp. AR9: evidence for mercury inhibition.
著者: Radha Kishan, K.V. / Vohra, R.M. / Ganesan, K. / Agrawal, V. / Sharma, V.M. / Sharma, R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a thermostable D-hydantoinase from mesophilic Bacillus sp.AR9
著者: Agrawal, V. / Sharma, R. / Ganeshan, K. / Radha Kishan, K.V.
履歴
登録2005年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-Hydantoinase
B: D-Hydantoinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,1576
ポリマ－100,9382
非ポリマー2204
水5,080282
1
A: D-Hydantoinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5793
ポリマ－50,4691
非ポリマー1102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: D-Hydantoinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5793
ポリマ－50,4691
非ポリマー1102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.540, 129.540, 102.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP64
詳細The asymmetric unit contains two molecules identified as chain A and B. Each molecule is independent and biologically active.

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要素

#1: タンパク質 D-Hydantoinase / E.C.3.5.2.2 / Dihydropyrimidinase / DHPase


分子量: 50468.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: AR9 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5DLU2, dihydropyrimidinase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 3350, Cesium Chloride, imidazole, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月20日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 42440 / Num. obs: 42440 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.376 / Num. unique all: 4214 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Modified D-hydantoinase from Thermus sp. (PDB ID 1GKP)

1gkp


解像度: 2.3→50 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: R-free / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 2096 4.8 %random
Rwork0.199 ---
all-42440 --
obs-42440 97.3 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.708 Å2-1.368 Å20 Å2
2---0.708 Å20 Å2
3---1.416 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7047 0 4 282 7333
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.339
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2841.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.0072
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1112
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.0392.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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