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- PDB-1ymx: X-ray crystallographic structure of CTX-M-9 beta-lactamase covale... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ymx
タイトルX-ray crystallographic structure of CTX-M-9 beta-lactamase covalently linked to cefoxitin
要素beta-lactamase CTX-M-9
キーワードHYDROLASE / CTX-M / beta-lactamase / acyl-enzyme complex / cefoxitin
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1QL / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Chen, Y. / Shoichet, B. / Bonnet, R.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2005
タイトル: Structure, Function, and Inhibition along the Reaction Coordinate of CTX-M beta-Lactamases.
著者: Chen, Y. / Shoichet, B. / Bonnet, R.
履歴
登録2005年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02018年9月12日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id
改定 2.12023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-lactamase CTX-M-9
B: beta-lactamase CTX-M-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8044
ポリマ－55,9452
非ポリマー8592
水11,656647
1
A: beta-lactamase CTX-M-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4022
ポリマ－27,9721
非ポリマー4291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: beta-lactamase CTX-M-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4022
ポリマ－27,9721
非ポリマー4291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.209, 106.781, 47.779
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 beta-lactamase CTX-M-9


分子量: 27972.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CTX-M / プラスミド: pET-9a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / キーワード: CTX-M-9 beta-lactamase, V231A / 参照: UniProt: Q9L5C8, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-1QL / (2R)-5-[(carbamoyloxy)methyl]-2-{(1S)-1-methoxy-2-oxo-1-[(thiophen-2-ylacetyl)amino]ethyl}-3,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid / Cefoxitin, bound form


分子量: 429.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H19N3O7S2 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 647 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.8
詳細: potassium phosphate, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 48520 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 3.05 / Num. unique all: 4843 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YLJ

1ylj


解像度: 1.7→19.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 114509.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: ONLY 5 ATOMS WERE MODELED FOR A26 THR with the side chain truncated after CB. CFX R2 side chain was missing in the density as well.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 2361 5 %RANDOM
Rwork0.158 ---
obs0.158 46883 96.2 %-
all-48520 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.2356 Å2 / ksol: 0.400439 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 14.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.99 Å20 Å22.02 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3---1.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3933 0 96 647 4676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.17
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.151.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.862.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 346 4.8 %
Rwork0.218 6865 -
obs--89.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM_SFOPROTEIN.TOP_SFO
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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