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万見
- PDB-1ymm: TCR/HLA-DR2b/MBP-peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ymm
タイトルTCR/HLA-DR2b/MBP-peptide complex
要素
  • (HLA class II histocompatibility antigen, DR ...) x 2
  • MBP peptide
  • T cell receptor alpha chain
  • T-cell receptor beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / protein-protein complex / T cell repertoire / auto-immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


compact myelin / structural constituent of myelin sheath / positive regulation of metalloendopeptidase activity / internode region of axon / axon ensheathment / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II ...compact myelin / structural constituent of myelin sheath / positive regulation of metalloendopeptidase activity / internode region of axon / axon ensheathment / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of kinase activity / positive regulation of memory T cell differentiation / membrane organization / CD4 receptor binding / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of monocyte differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / intermediate filament / T-helper 1 type immune response / transport vesicle membrane / maintenance of blood-brain barrier / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / polysaccharide binding / negative regulation of type II interferon production / humoral immune response / macrophage differentiation / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / epidermis development / detection of bacterium / T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / substantia nigra development / myelination / MHC class II antigen presentation / central nervous system development / trans-Golgi network membrane / cell periphery / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / response to bacterium / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / sensory perception of sound / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / structural constituent of cytoskeleton / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of T cell activation / cognition / response to toxic substance / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / endocytic vesicle membrane / late endosome membrane / MAPK cascade / Downstream TCR signaling / myelin sheath / T cell receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / protease binding / early endosome membrane / chemical synaptic transmission / adaptive immune response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of viral entry into host cell / lysosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / calmodulin binding / immune response / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / neuronal cell body / synapse / lipid binding / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / protein-containing complex
類似検索 - 分子機能
Myelin basic protein / Myelin basic protein / Myelin basic protein signature. / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain ...Myelin basic protein / Myelin basic protein / Myelin basic protein signature. / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / : / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / T cell receptor alpha chain constant / T cell receptor beta constant 1 / HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / Myelin basic protein / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hahn, M. / Nicholson, M.J. / Pyrdol, J. / Wucherpfennig, K.W.
引用ジャーナル: NAT.IMMUNOL. / 年: 2005
タイトル: Unconventional topology of self peptide-major histocompatibility complex binding by a human autoimmune T cell receptor.
著者: Hahn, M. / Nicholson, M.J. / Pyrdol, J. / Wucherpfennig, K.W.
履歴
登録2005年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年10月20日Group: Advisory / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE These mutations are located in the hypervariable region of the chain and are unique to ...SEQUENCE These mutations are located in the hypervariable region of the chain and are unique to specific T cell receptor.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DR beta chain
C: MBP peptide
D: T cell receptor alpha chain
E: T-cell receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,5206
ポリマ－98,2985
非ポリマー2211
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.340, 212.620, 278.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

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HLA class II histocompatibility antigen, DR ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA-DR2b alpha


分子量: 22107.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA / プラスミド: pAcDB3
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR beta chain / HLA-DR2b beta


分子量: 22991.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pAcDB3
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q29790, UniProt: P01911*PLUS

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タンパク質 , 2種, 2分子 DE

#4: タンパク質 T cell receptor alpha chain / TCR Ob.1A12 alpha


分子量: 22978.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pAcDB3
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: GenBank: 29293741, UniProt: P01848*PLUS
#5: タンパク質 T-cell receptor beta chain / TCR Ob.1A12 beta


分子量: 27934.092 Da / 分子数: 1 / Mutation: C13S, C193S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pAcDB3
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P01850

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タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 C

#3: タンパク質・ペプチド MBP peptide


分子量: 2286.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: P02686
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Na-tartrate, ammonium formate, HEPES, pH 7.0, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. obs: 35129 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Χ2: 1.096
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique allΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
3.1-3.2129950.949182.1
3.21-3.3434511.007192.90.787
3.34-3.4935061.097195.60.586
3.49-3.6736101.111197.60.382
3.67-3.935931.184197.30.259
3.9-4.235911.14196.80.162
4.2-4.6235881.0721970.097
4.62-5.2736131.097196.90.08
5.27-6.6136111.174196.20.075
6.61-2035711.057192.80.041

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→19.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 3765203.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.318 1236 5 %RANDOM
Rwork0.274 ---
all0.276 24725 --
obs0.276 24725 96.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.858 Å2 / ksol: 0.229 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 71.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.28 Å20 Å20 Å2
2--2.19 Å20 Å2
3----15.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→19.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5774 0 15 0 5789
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.04
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.19
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 221 5.4 %
Rwork0.344 3899 -
obs--97.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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