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- PDB-1ym3: Crystal Structure of carbonic anhydrase RV3588c from Mycobacteriu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ym3
タイトルCrystal Structure of carbonic anhydrase RV3588c from Mycobacterium tuberculosis
要素CARBONIC ANHYDRASE (CARBONATE DEHYDRATASE) (CARBONIC DEHYDRATASE)
キーワードLYASE / Zn protein / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 1. / Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 2. / Carbonic anhydrase, prokaryotic-like, conserved site / Beta-carbonic Anhydrase; Chain A / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbonic anhydrase 2 / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Covarrubias, A.S. / Larsson, A.M. / Hogbom, M. / Lindberg, J. / Bergfors, T. / Bjorkelid, C. / Mowbray, S.L. / Unge, T. / Jones, T.A. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structure and function of carbonic anhydrases from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Suarez Covarrubias, A. / Larsson, A.M. / Hogbom, M. / Lindberg, J. / Bergfors, T. / Bjorkelid, C. / Mowbray, S.L. / Unge, T. / Jones, T.A.
履歴
登録2005年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBONIC ANHYDRASE (CARBONATE DEHYDRATASE) (CARBONIC DEHYDRATASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8633
ポリマ－22,7741
非ポリマー902
水2,342130
1
A: CARBONIC ANHYDRASE (CARBONATE DEHYDRATASE) (CARBONIC DEHYDRATASE)
ヘテロ分子

A: CARBONIC ANHYDRASE (CARBONATE DEHYDRATASE) (CARBONIC DEHYDRATASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7276
ポリマ－45,5472
非ポリマー1794
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area3500 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area15730 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)56.377, 56.377, 104.192
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-313-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -Y, -X, 1/2-Z

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要素

#1: タンパク質 CARBONIC ANHYDRASE (CARBONATE DEHYDRATASE) (CARBONIC DEHYDRATASE)


分子量: 22773.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv3588c / プラスミド: pCRT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI
参照: UniProt: O53573, UniProt: P9WPJ9*PLUS, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: MgCl2, PEG 400, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.085 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月2日 / 詳細: Vertically focusing cylindrical mirror
放射モノクロメーター: Single asymmetrically cut Si(111) crystal with horizontal diffraction plane. The crystal is bendable for horizontal focusing.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.085 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→26.2 Å / Num. all: 13934 / Num. obs: 13934 / % possible obs: 83.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 23.35
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.298 / % possible all: 80.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1I6O and 1DDZ

1i6o

1ddz


解像度: 1.75→26.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.595 / SU ML: 0.085 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22946 734 5 %RANDOM
Rwork0.17876 ---
all0.18134 13934 --
obs0.18134 13934 82.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.207 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20 Å20 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→26.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1435 0 2 130 1567
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0211468
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021385
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4841.9461994
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87433186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5565193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02300
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2290.21551
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.2828
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.269
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0070.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.6190.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3220.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1760.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.981.5956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.75321532
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6823512
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2724.5462
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.748→1.794 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.238 59
Rwork0.186 956
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.0998 Å / Origin y: 22.5969 Å / Origin z: 21.0858 Å
111213212223313233
T0.0381 Å2-0.0001 Å2-0.0093 Å2-0.0095 Å2-0.0022 Å2--0.0326 Å2
L0.5139 °20.1853 °20.175 °2-0.8383 °20.3555 °2--0.9139 °2
S0.0211 Å °-0.0526 Å °-0.0233 Å °-0.0872 Å °-0.0219 Å °0.0198 Å °0.0856 Å °-0.0211 Å °0.0009 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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