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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ylm | ||||||
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タイトル | Structure of Cytosolic Protein of Unknown Function YutE from Bacillus subtilis | ||||||
要素 | hypothetical protein BSU32300 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / MCSG / Bacillus subtilis / hypothetical cytosolic protein / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | bsu32300-like / Ribonuclease HepT-like / tRNA nuclease HepT-like superfamily / Ribonuclease HepT-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Putative RNase YutE 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.83 Å | ||||||
データ登録者 | Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Hypothetical cytosolic protein YutE from Bacillus subtilis 著者: Binkowski, T.A. / Quartey, P. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ylm.cif.gz | 72.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ylm.ent.gz | 59.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ylm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ylm_validation.pdf.gz | 434.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ylm_full_validation.pdf.gz | 436.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ylm_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ylm_validation.cif.gz | 24.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/1ylm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/1ylm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16857.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 生物種: Bacillus subtilis / 株: subsp. subtilis str. 168 / 遺伝子: YutE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 168 / 参照: UniProt: O32126 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.11 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: .075 Tris, 1.5M Ammonium sulfate, 25% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 150 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: SBC-1 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月14日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.83→33.6 Å / Num. all: 31170 / Num. obs: 30664 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 1.83→1.9 Å / % possible all: 89 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.83→33.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.399 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.83→33.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.832→1.88 Å / Total num. of bins used: 20
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