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- PDB-1yli: Crystal structure of HI0827, a hexameric broad specificity acyl-c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yli
タイトルCrystal structure of HI0827, a hexameric broad specificity acyl-coenzyme A thioesterase
要素Putative acyl-CoA thioester hydrolase HI0827
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / HI0827 / YCIA_HAEIN / thioesterase / coenzyme A / Structure 2 Function Project / S2F
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / acyl-CoA metabolic process / fatty acid catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hotdog acyl-CoA thioesterase (ACOT)-type domain / Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase / Hotdog acyl-CoA thioesterase (ACOT)-type domain profile. / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Uncharacterized acyl-CoA thioester hydrolase HI_0827
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Structure 2 Function Project (S2F)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: STRUCTURE OF HI0827, A THIOESTERASE ACTING ON SHORT-CHAIN ACYL-COA COMPOUNDS
著者: Willis, M.A. / Zhuang, Z. / Song, F. / Howard, A. / Dunaway-Mariano, D. / Herzberg, O.
履歴
登録2005年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2005年2月1日ID: 1NNG
改定 1.02005年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年12月17日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative acyl-CoA thioester hydrolase HI0827
B: Putative acyl-CoA thioester hydrolase HI0827
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,18210
ポリマ－33,3022
非ポリマー1,8808
水3,873215
1
A: Putative acyl-CoA thioester hydrolase HI0827
B: Putative acyl-CoA thioester hydrolase HI0827
ヘテロ分子

A: Putative acyl-CoA thioester hydrolase HI0827
B: Putative acyl-CoA thioester hydrolase HI0827
ヘテロ分子

A: Putative acyl-CoA thioester hydrolase HI0827
B: Putative acyl-CoA thioester hydrolase HI0827
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,54630
ポリマ－99,9076
非ポリマー5,63924
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area13490 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area37200 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)163.676, 163.676, 163.676
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1-

CA

21B-257-

HOH

31B-262-

HOH

詳細The biological assembly is a hexamer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: z,x,y and y,z,x.

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要素

#1: タンパク質 Putative acyl-CoA thioester hydrolase HI0827


分子量: 16651.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: YCIA-HAEIN / プラスミド: pET23b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P44886, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 4000, bicine, calcium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 17-ID11.5545
シンクロトロンAPS 17-ID21.0720, 1.0723, 1.0543
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2002年3月17日
ADSC QUANTUM 2102CCD2002年3月17日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si (111)MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.55451
21.0721
31.07231
41.05431
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 29132 / Num. obs: 29132 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.8 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rsym value: 0.075 / Χ2: 1.045 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 2433 / Rsym value: 0.65 / Χ2: 0.819 / % possible all: 83.4

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
1111.07214.98-22.85
1121.072313.48-17.83
1131.054312.79-7.85
Phasing dmFOM : 0.52 / FOM acentric: 0.52 / FOM centric: 0.51 / 反射: 25370 / Reflection acentric: 22300 / Reflection centric: 3070
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5.7-24.6950.950.950.841204839365
3.6-5.70.920.940.8534322847585
2.9-3.60.840.860.742753729546
2.5-2.90.650.680.4542883816472
2.1-2.50.290.290.1974856784701
2-2.10.080.080.0746864285401

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.02位相決定
RESOLVE2.02位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.501データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→24.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 7.368 / SU ML: 0.11 / SU R Cruickshank DPI: 0.153 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 2123 8 %RANDOM
Rwork0.18 ---
all0.184 26684 --
obs0.184 26684 97.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.164 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→24.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2195 0 112 215 2522
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.01723490.022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.61931802.011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.812885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.2099024.111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.06141615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1041715
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1123620.2
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.00616660.02
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.21710080.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.29816030.2
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1471830.2
X-RAY DIFFRACTIONPOTENTIAL METAL-ION REFINED ATOMS (A)0.03720.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.222400.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.18120.2
X-RAY DIFFRACTIONSYMMETRY METAL-ION REFINED ATOMS (A)0.04920.2
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.00814771.5
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45223122
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.429843
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.568684.5
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 136 -
Rwork0.245 1457 -
obs--79.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.41121.5581-0.0183.02630.2881.74750.0012-0.2863-0.32520.2980.0201-0.1910.17170.0163-0.0213-0.0920.07680.0611-0.10880.0822-0.1528-7.7965-19.507311.2036
21.3023-0.046-0.09022.73751.0253.157-0.0045-0.11670.13130.1825-0.03410.2003-0.0773-0.1480.0387-0.11520.04150.0835-0.11670.0427-0.1338-18.96950.091112.4064
38.5725-0.64523.1992.2763-4.19718.2199-0.1043-0.2659-0.3777-0.1860.20030.3335-0.1438-0.3262-0.096-0.0590.06640.1509-0.02420.0478-0.0741-25.8422-20.9688.248
424.0982-7.956-15.33195.9338.844214.0815-0.1415-1.5414-0.23450.70430.1985-0.33320.47681.2693-0.057-0.03090.09540.03670.03920.0863-0.1115-7.3166-2.901327.0061
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA11 - 15210 - 151
22BB5 - 1524 - 151
33AC - D155 - 1561
44BE - F1 - 1551

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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