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万見
- PDB-1yla: Ubiquitin-conjugating enzyme E2-25 kDa (Huntington interacting pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yla
タイトルUbiquitin-conjugating enzyme E2-25 kDa (Huntington interacting protein 2)
要素Ubiquitin-conjugating enzyme E2-25 kDa
キーワードLIGASE / UBIQUITIN / UBIQUITIN- CONJUGATING ENZYME / Structural Genomics / SGC / Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


free ubiquitin chain polymerization / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / filopodium tip / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K48-linked ubiquitination ...free ubiquitin chain polymerization / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / filopodium tip / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K48-linked ubiquitination / cellular response to interferon-beta / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin protein ligase binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vertebrate ubiquitin-conjugating enzyme E2 K, UBA domain / Ubiquitin-associated (UBA) domain / UBA/TS-N domain / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site ...Vertebrate ubiquitin-conjugating enzyme E2 K, UBA domain / Ubiquitin-associated (UBA) domain / UBA/TS-N domain / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 K
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Choe, J. / Avvakumov, G.V. / Newman, E.M. / Mackenzie, F. / Kozieradzki, I. / Bochkarev, A. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Dhe-paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural basis of E2-25K/UBB+1 interaction leading to proteasome inhibition and neurotoxicity
著者: Ko, S. / Kang, G.B. / Song, S.M. / Lee, J.-G. / Shin, D.Y. / Yun, J.-H. / Sheng, Y. / Cheong, C. / Jeon, Y.H. / Jung, Y.-K. / Arrowsmith, C.H. / Avvakumov, G.V. / Dhe-Paganon, S. / Yoo, Y.J. / Eom, S.H. / Lee, W.
履歴
登録2005年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2-25 kDa
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2-25 kDa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1492
ポリマ－45,1492
非ポリマー00
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.831, 55.022, 61.762
Angle α, β, γ (deg.)64.19, 74.61, 69.89
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2-25 kDa / Ubiquitin- protein ligase / Ubiquitin carrier protein / E225K / Huntingtin interacting protein 2 / HIP-2


分子量: 22574.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIP2, LIG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61086, ubiquitin-protein ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.444 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, calcium acetate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K, pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月10日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 15647 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 2.23 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.21 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TTE

1tte


解像度: 2.4→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 489316.64 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 772 4.9 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.225 15647 96.1 %-
all-15647 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.18 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.69 Å21.16 Å2-3.14 Å2
2---2.51 Å2-4.04 Å2
3----0.19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3158 0 0 150 3308
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 120 4.7 %
Rwork0.347 2425 -
obs--94.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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