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- PDB-1yl5: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis dihydrodipicolina... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yl5
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis dihydrodipicolinate reductase (RV2773C) (crystal form A)
要素Dihydrodipicolinate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / lysine biosynthesis / dihydrodipicolinate / reductase / NADH / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, NAD or NADP as acceptor / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / cell wall / NADH binding / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NADPH binding / peptidoglycan-based cell wall / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrodipicolinate reductase, conserved site / Dihydrodipicolinate reductase signature. / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminal / Dihydrodipicolinate reductase / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminus / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminal / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminus / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Dihydrodipicolinate reductase, conserved site / Dihydrodipicolinate reductase signature. / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminal / Dihydrodipicolinate reductase / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminus / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminal / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminus / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Janowski, R. / Kefala, G. / Weiss, M.S. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: The structure of dihydrodipicolinate reductase (DapB) from Mycobacterium tuberculosis in three crystal forms.
著者: Janowski, R. / Kefala, G. / Weiss, M.S.
履歴
登録2005年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrodipicolinate reductase
B: Dihydrodipicolinate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8604
ポリマ－51,8112
非ポリマー492
水88349
1
A: Dihydrodipicolinate reductase
B: Dihydrodipicolinate reductase
ヘテロ分子

A: Dihydrodipicolinate reductase
B: Dihydrodipicolinate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7198
ポリマ－103,6224
非ポリマー974
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area12150 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area38560 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)59.26, 122.00, 77.93
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細the second part of the biological assembly (tetramer) is generated by the two fold axis: 1/2, 1/2, z.

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要素

#1: タンパク質 Dihydrodipicolinate reductase / DHPR


分子量: 25905.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: dapB / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RP / 参照: UniProt: P72024, UniProt: P9WP23*PLUS, EC: 1.3.1.26
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris/HCl, 20 % PEG 3350, 120 mM MgCl2 , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月15日
放射モノクロメーター: Double Crystal (Si111, Si220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→99 Å / Num. all: 25757 / Num. obs: 25757 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 63.1 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.733 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / Num. unique all: 1256 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1P9L

1p9l


解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 16.266 / SU ML: 0.186 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: TLS REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24924 1056 4.1 %RANDOM
Rwork0.20514 ---
all0.20697 24648 --
obs0.20697 24648 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.607 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.79 Å20 Å20 Å2
2---3.04 Å20 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3648 0 2 49 3699
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223718
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.9675072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9415492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.48323.562146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.75815572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7791526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2612
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022810
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.21789
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.22538
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2193
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8541.52503
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5472.53938
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.92451304
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.212101134
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.424 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 146 -
Rwork0.278 3489 -
obs-3489 99.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.08931.28211.42733.88770.53758.11780.12180.0260.12850.5408-0.25670.3221-0.1507-0.31430.1349-0.1342-0.1240.0578-0.1005-0.0198-0.17511.659239.9977-3.769
21.30130.4440.20933.3239-0.12240.0455-0.03870.00280.0732-0.36030.00240.43050.172-0.30620.0363-0.0487-0.0221-0.059-0.053-0.0045-0.019715.972457.134319.1921
31.5829-0.4116-0.30673.89750.41564.5313-0.102-0.1889-0.0110.0150.032-0.1305-0.09680.15460.07-0.2634-0.0408-0.0190.01340.0088-0.054725.65833.839444.883
42.44741.20970.08381.8315-0.20261.64340.0265-0.1047-0.4711-0.151-0.1123-0.39520.30810.09660.0858-0.02360.02280.0065-0.14820.01520.007735.966548.453521.9664
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA0 - 1051 - 107
2X-RAY DIFFRACTION1AA218 - 245220 - 247
3X-RAY DIFFRACTION2AA106 - 217108 - 219
4X-RAY DIFFRACTION3BB0 - 1051 - 107
5X-RAY DIFFRACTION3BB218 - 245220 - 247
6X-RAY DIFFRACTION4BB106 - 217108 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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