PDB-1ykw: Crystal Structure of a Novel RuBisCO-Like Protein from the Green ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ykw

タイトル

Crystal Structure of a Novel RuBisCO-Like Protein from the Green Sulfur Bacterium Chlorobium tepidum

要素

RuBisCO-like protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / beta-alpha-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

carbon fixation / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlorobaculum tepidum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Li, H. / Sawaya, M.R. / Tabita, F.R. / Eisenberg, D.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a RuBisCO-like protein from the green sulfur bacterium Chlorobium tepidum.
著者: Li, H. / Sawaya, M.R. / Tabita, F.R. / Eisenberg, D.

履歴

登録	2005年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

Remark 650

HELIX Determination method: Author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ykw.cif.gz	174.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ykw.ent.gz	139 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ykw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/1ykw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/1ykw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5rubS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4nas-2 1f8n-d 1tel-d 4lf1-2 8aat-d 2sbl-2 4kk6-1 6r1r-3 7r1r-2 1hu9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#11 - 2000年11月ルビスコ (Rubisco) 類似性 (7)

登録構造単位

A: RuBisCO-like protein

B: RuBisCO-like protein

96.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.348, 78.451, 90.369
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.95, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	HIS	HIS	A	A	7 - 40	7 - 40
2	1	LYS	LYS	HIS	HIS	B	B	7 - 40	7 - 40
1	2	LYS	LYS	ASN	ASN	A	A	90 - 160	90 - 160
2	2	LYS	LYS	ASN	ASN	B	B	90 - 160	90 - 160
1	3	ALA	ALA	ILE	ILE	A	A	225 - 320	225 - 320
2	3	ALA	ALA	ILE	ILE	B	B	225 - 320	225 - 320
1	4	GLU	GLU	VAL	VAL	A	A	333 - 375	333 - 375
2	4	GLU	GLU	VAL	VAL	B	B	333 - 375	333 - 375

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	RuBisCO-like protein 分子量: 48025.727 Da / 分子数: 2 / 変異: M328V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlorobaculum tepidum (バクテリア) 遺伝子: CT1772 / プラスミド: pET-11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 / 参照: UniProt: Q8KBL4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

RuBisCO-like protein

分子量: 48025.727 Da / 分子数: 2 / 変異: M328V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Chlorobaculum tepidum (バクテリア)
遺伝子: CT1772 / プラスミド: pET-11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 / 参照: UniProt: Q8KBL4

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: PEG 3350, magnesium formate , pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.1271 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月12日
放射	モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→90 Å / Num. all: 60951 / Num. obs: 60951 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / R_sym value: 0.129 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 5253 / R_sym value: 0.397 / % possible all: 84.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
EPMR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5RUB

5rub

解像度: 2→87.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 8.954 / SU ML: 0.125 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24539	2956	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20114	-	-	-
all	0.20329	57608	-	-
obs	0.20329	57608	97.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.441 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.18 Å²	0 Å²	0.67 Å²
2-	-	-0.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→87.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6398	0	0	317	6715

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	6573
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.626	1.964	8916
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.703	5	825
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.166	24.31	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.018	15	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.645	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	984
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5009
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	2874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	4451
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	338
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.155	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.151	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.018	1.5	4224
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.598	2	6639
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.46	3	2637
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.82	4.5	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	136	tight positional	0.03	0.05
2	280	tight positional	0.04	0.05
3	384	tight positional	0.04	0.05
4	168	tight positional	0.03	0.05
1	139	loose positional	0.21	5
2	259	loose positional	0.23	5
3	351	loose positional	0.32	5
4	141	loose positional	0.47	5
1	136	tight thermal	0.12	0.5
2	280	tight thermal	0.17	0.5
3	384	tight thermal	0.17	0.5
4	168	tight thermal	0.18	0.5
1	139	loose thermal	0.85	10
2	259	loose thermal	0.99	10
3	351	loose thermal	1.1	10
4	141	loose thermal	1.38	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	161	-
R_work	0.254	3019	-
obs	-	-	85.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8163	0.1362	0.7262	0.9839	-0.2174	3.528	0.0248	0.4554	0.4528	-0.0916	0.0108	-0.0258	-0.2571	-0.1322	-0.0357	-0.0393	0.05	0.0174	-0.0026	0.1331	0.0308	37.1884	25.0597	61.1763
2	1.9732	-0.1111	-0.3589	0.5813	0.0207	1.0973	-0.0479	0.2262	-0.3297	-0.0117	0.0318	-0.0434	0.2217	0.0961	0.0161	-0.0497	0.0182	-0.017	-0.0803	-0.0481	-0.0369	54.3272	-3.4221	73.7012
3	1.5708	0.1927	-0.8214	1.2555	0.0587	3.5267	-0.0349	0.4798	-0.4892	-0.1173	0.0217	-0.0612	0.3271	0.0781	0.0133	-0.0389	0.0313	0.0025	0.0282	-0.1425	0.0118	32.6991	-11.2262	61.2429
4	1.8287	-0.2019	0.3141	0.6061	-0.0959	1.1205	-0.0379	0.2228	0.3409	0.0339	0.033	0.0464	-0.2073	-0.0925	0.005	-0.0558	0.0197	0.0104	-0.0734	0.0455	-0.0269	15.4417	17.2069	73.704

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 47	4 - 47
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	59 - 144	59 - 144
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	145 - 428	145 - 428
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	4 - 47	4 - 47
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	59 - 144	59 - 144
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	145 - 174	145 - 174
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	177 - 428	177 - 428

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