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- PDB-1ykq: Crystal structure of Diels-Alder ribozyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ykq
タイトルCrystal structure of Diels-Alder ribozyme
要素(Diels-Alder ribozyme) x 2
キーワードRNA / carbon-carbon bond / catalytic mechanism / RNA crystal structure / Diels-Alder reaction / ribozyme
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Serganov, A. / Keiper, S. / Malinina, L. / Tereshko, V. / Skripkin, E. / Hobartner, C. / Polonskaia, A. / Phan, A.T. / Wombacher, R. / Micura, R. ...Serganov, A. / Keiper, S. / Malinina, L. / Tereshko, V. / Skripkin, E. / Hobartner, C. / Polonskaia, A. / Phan, A.T. / Wombacher, R. / Micura, R. / Dauter, Z. / Jaschke, A. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural basis for Diels-Alder ribozyme-catalyzed carbon-carbon bond formation.
著者: Serganov, A. / Keiper, S. / Malinina, L. / Tereshko, V. / Skripkin, E. / Hobartner, C. / Polonskaia, A. / Phan, A.T. / Wombacher, R. / Micura, R. / Dauter, Z. / Jaschke, A. / Patel, D.J.
履歴
登録2005年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diels-Alder ribozyme
B: Diels-Alder ribozyme
C: Diels-Alder ribozyme
D: Diels-Alder ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,25116
ポリマ－31,5194
非ポリマー73212
水00
1
A: Diels-Alder ribozyme
B: Diels-Alder ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1708
ポリマ－15,7592
非ポリマー4106
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Diels-Alder ribozyme
D: Diels-Alder ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0828
ポリマ－15,7592
非ポリマー3226
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.690, 44.240, 79.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: G / Beg label comp-ID: G / End auth comp-ID: C / End label comp-ID: C / Refine code: 6

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA101 - 1111 - 11
21CC101 - 1111 - 11
12BB201 - 2381 - 38
22DD201 - 2381 - 38

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: RNA鎖 Diels-Alder ribozyme


分子量: 3497.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence was derived from the in vitro selected ribozyme catalyzing Diels-Alder reaction between tethered anthracene and biotinylated maleimide
#2: RNA鎖 Diels-Alder ribozyme


分子量: 12262.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence was derived from the in vitro selected ribozyme catalyzing Diels-Alder reaction between tethered anthracene and biotinylated maleimide
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG400, sodium cacodylate, magnesium acetate, 1,6-hexandiol, sodium chloride, cadmium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG40011
2sodium cacodylate11
3H2O11
4PEG40012
5sodium cacodylate12
6magnesium acetate12
71,6-hexandiol12
8sodium chloride12
9cadmium chloride12
10H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月13日
放射モノクロメーター: Si(111),(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→20 Å / Num. all: 6902 / Num. obs: 6744 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 3.5→3.62 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.729 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 673 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.9999精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Diels-Alder ribozyme from the ribozyme-product complex, pdb entry 1YLS

1yls


解像度: 3.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / SU B: 109.285 / SU ML: 0.73 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.671 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3238 312 4.8 %random
Rwork0.2857 ---
obs0.2875 6563 97.6 %-
all-6564 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.45 Å20 Å21.26 Å2
2---8.91 Å20 Å2
3---7.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.755 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2078 12 0 2090
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0212320
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.61233610
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021018
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2620.21209
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2180.271
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0980.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2620.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it033325
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it04.53610
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A230loose positional0.485
2B809loose positional0.385
1A230loose thermal010
2B809loose thermal010
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.588 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.326 24
Rwork0.364 447
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9947-0.0839-1.10693.8868-0.13124.1616-0.20320.3208-0.0009-0.16770.50060.51160.4317-0.0485-0.2973-0.1432-0.10550.0076-0.03350.0686-0.21434.890326.316523.0536
22.32-0.62452.56012.5376-0.87964.4194-0.25390.2170.3499-0.40120.3263-0.4412-0.5310.2039-0.0724-0.0431-0.08490.02270.0349-0.1458-0.163858.188733.343822.9837
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A101 - 111
2X-RAY DIFFRACTION1B201 - 238
3X-RAY DIFFRACTION1A249
4X-RAY DIFFRACTION1B240 - 246
5X-RAY DIFFRACTION2C101 - 111
6X-RAY DIFFRACTION2D201 - 238
7X-RAY DIFFRACTION2D340 - 348
8X-RAY DIFFRACTION2C349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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