PDB-1ykp: Protocatechuate 3,4-Dioxygenase Y408H mutant bound to DHB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ykp

タイトル

Protocatechuate 3,4-Dioxygenase Y408H mutant bound to DHB

要素

Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

キーワード

OXIDOREDUCTASE / protocatechuate / catechol

機能・相同性

機能・相同性情報

protocatechuate 3,4-dioxygenase / protocatechuate 3,4-dioxygenase activity / 3,4-dihydroxybenzoate catabolic process / beta-ketoadipate pathway / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Brown, C.K. / Ohlendorf, D.H.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Roles of the equatorial tyrosyl iron ligand of protocatechuate 3,4-dioxygenase in catalysis
著者: Valley, M.P. / Brown, C.K. / Burk, D.L. / Vetting, M.W. / Ohlendorf, D.H. / Lipscomb, J.D.

履歴

登録	2005年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ykp.cif.gz	542.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ykp.ent.gz	444 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ykp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ykp_validation.pdf.gz	573.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ykp_full_validation.pdf.gz	823.7 KB	表示
XML形式データ	1ykp_validation.xml.gz	129.4 KB	表示
CIF形式データ	1ykp_validation.cif.gz	169 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/1ykp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/1ykp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ykkC 1yklC 1ykmC 1yknC 1ykoC 2pcd 3pca C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pci-2 3pcc-1 1ykl-1 1ykk-1 3mi5-1 3mi1-1 3mv4-1 3mfl-1 1eoc-1 3pcn-1 3pcg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

B: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

C: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

D: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

E: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

F: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

G: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

H: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

I: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

J: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

K: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

L: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

ヘテロ分子

295 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

B: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

C: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

D: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

E: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

F: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

G: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

H: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

I: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

J: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

K: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

L: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

ヘテロ分子

A: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

B: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

C: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

D: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

E: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

F: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

G: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

H: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

I: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

J: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

K: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

L: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
591 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	196.190, 127.970, 134.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.68, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain / 3 / 4-PCD 分子量: 22278.812 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: pcaG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00436, protocatechuate 3,4-dioxygenase
#2: タンパク質	Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain / 3 / 4-PCD 分子量: 26747.377 Da / 分子数: 6 / Mutation: Y408H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: pcaH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00437, protocatechuate 3,4-dioxygenase
#3: 化合物	ChemComp-DHB / 3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID / プロトカテク酸分子量: 154.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₄
#4: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 786 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.62 %

-
データ収集

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	B_iso Wilson estimate: 15.6 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.41→30.37 Å / R_factor R_free error: 0.007 / Data cutoff high absF: 82191.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.211	912	1 %	RANDOM
R_work	0.145	-	-	-
obs	0.145	91984	72.4 %	-
all	-	145642	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 11.2932 Å² / k_sol: 0.295682 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.56 Å²	0 Å²	0.81 Å²
2-	-	3.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.52 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.29 Å	0.22 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.38 Å	0.31 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.41→30.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20688	0	72	786	21546

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.053
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	3.6
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	27.5
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	3.5
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it

LS精密化シェル

解像度: 2→2.13 Å / Total num. of bins used: 6 /

	R_factor	反射数
R_work	0.211	0

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	iron.param
X-RAY DIFFRACTION	3	cyc.kent.param
X-RAY DIFFRACTION	4	dhb.par
X-RAY DIFFRACTION	5	water_rep.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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