[日本語] English
万見
- PDB-1ykk: Protocatechuate 3,4-Dioxygenase Y408C Mutant -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ykk
タイトルProtocatechuate 3,4-Dioxygenase Y408C Mutant
要素
  • Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
  • Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / 3 / 4-PCD / catechol / protocatechuate / dioxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


protocatechuate 3,4-dioxygenase / protocatechuate 3,4-dioxygenase activity / 3,4-dihydroxybenzoate catabolic process / beta-ketoadipate pathway / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能
Protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase, alpha subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit, N-terminal / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit N terminal / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core ...Protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase, alpha subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit, N-terminal / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit N terminal / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Brown, C.K. / Ohlendorf, D.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Roles of the equatorial tyrosyl iron ligand of protocatechuate 3,4-dioxygenase in catalysis
著者: Valley, M.P. / Brown, C.K. / Burk, D.L. / Vetting, M.W. / Ohlendorf, D.H. / Lipscomb, J.D.
履歴
登録2005年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
B: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
C: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
D: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
E: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
F: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
G: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
H: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
I: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
J: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
K: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
L: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,28218
ポリマ－293,94712
非ポリマー3356
水14,268792
1
A: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
B: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
C: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
D: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
E: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
F: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
G: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
H: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
I: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
J: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
K: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
L: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
ヘテロ分子

A: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
B: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
C: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
D: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
E: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
F: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
G: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
H: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
I: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
J: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
K: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
L: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)588,56436
ポリマ－587,89424
非ポリマー67012
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area142570 Å2
ΔGint-846 kcal/mol
Surface area165780 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)194.870, 126.961, 132.764
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

-
要素

#1: タンパク質
Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain / 3 / 4-PCD


分子量: 22278.812 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: pcaG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00436, protocatechuate 3,4-dioxygenase
#2: タンパク質
Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain / 3 / 4-PCD


分子量: 26712.373 Da / 分子数: 6 / Mutation: Y108C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: pcaH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00437, protocatechuate 3,4-dioxygenase
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 792 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.66 %

-
データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Biso Wilson estimate: 19.2 Å2

-
解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3,4 PCD

解像度: 2.06→26.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 4441456.11 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 1608 0.9 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 183721 93.1 %-
all-142392 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 11.5877 Å2 / ksol: 0.297246 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.41 Å20 Å21.59 Å2
2---0.76 Å20 Å2
3---6.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→26.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20664 0 6 792 21462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.48
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 67 0.7 %
Rwork0.371 9732 -
obs--27.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2iron.param
X-RAY DIFFRACTION3cyc.kent.param
X-RAY DIFFRACTION4dhb.par
X-RAY DIFFRACTION5water_rep.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る